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Direct Effect Media/Illumina

Desarrollan prueba molecular para carcinoma nasofaríngeo

Por el equipo editorial de Labmedica en español
Actualizado el 27 Jun 2018
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Imagen: El secuenciador de mesa NextSeq 500 (Fotografía cortesía de Illumina).
Imagen: El secuenciador de mesa NextSeq 500 (Fotografía cortesía de Illumina).
La prevalencia de carcinoma nasofaríngeo (CNF) es más alta en el sudeste de Asia que en otras partes del mundo, con alrededor de 35 casos por 100.000 habitantes. La tasa de supervivencia a cinco años de la enfermedad es tan alta como 95% cuando se detecta temprano, pero cae al 60% si se detecta en una etapa posterior. La mayoría de los pacientes son asintomáticos, por lo que el 80% son diagnosticados con enfermedad avanzada.

Se ha demostrado que las biopsias líquidas a través del análisis de ADN circulante libre de células (cfADN) son valiosas para la monitorización no invasiva de la respuesta al tratamiento del cáncer y para la detección de la recidiva del cáncer. Para extender la aplicación del ADN circulante libre de células al cribado del cáncer, los investigadores tienen que enfrentar el desafío de desarrollar ensayos que sean lo suficientemente sensibles como para poder detectar las concentraciones bajas esperadas de ADN tumoral circulante en etapas tempranas del cáncer.

Los científicos de la Universidad China de Hong Kong (Sha Tin, Hong Kong) analizaron una población objetivo que era asintomática, hombres étnicamente chinos de edades comprendidas entre 40 y 62 años. Este grupo tiene la mayor incidencia específica de edad para el CNF. Todos los participantes proporcionaron una muestra de sangre venosa de 20 mL en el momento de la inscripción. El equipo utilizó 800 mL de plasma para el análisis de ADN del virus Epstein - Barr (EBV) mediante un ensayo de reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) en tiempo real, dirigido contra el fragmento BamH1-W del genoma del VEB.

Para el enriquecimiento de las moléculas de ADN viral de las muestras de ADN plasmático con el fin de realizar el posterior análisis de secuenciación, se realizó el enriquecimiento objetivo con sondas de captura del VEB. Las bibliotecas de ADN de cinco muestras se multiplexaron en una reacción de captura. Se usaron cantidades iguales de bibliotecas de ADN para cada muestra. El equipo también incluyó sondas para cubrir las regiones autosómicas humanas como referencia. Las secuencias de ADN autosómico capturadas se usaron para la normalización de las lecturas de ADN viral. Las bibliotecas de ADN multiplexadas se secuenciaron usando las plataformas NextSeq 500 o HiSeq 2500 Sequencing.

El equipo utilizó un enfoque de secuenciación dirigida para atacar el virus de Epstein Barr, generando alrededor de 70 millones de lecturas mapeadas por muestra. La secuenciación confirmó que aquellos con cáncer tenían una mayor proporción de ADN viral que aquellos sin cáncer. Además, encontraron diferencias de tamaño entre el ADN viral en individuos con y sin cáncer. El ADN circulante tiene un tamaño promedio de alrededor de 160 a 170 bases debido a que una pieza de ADN envuelta alrededor de un núcleo de histona tiene alrededor de 140 bases, con otra región enlazadora de 20 bases. En el estudio anterior sobre el cáncer de hígado, el equipo demostró que el ADN circulante (ctADN) no tenía esa región de unión de 20 bases. Por el contrario, el ADN viral en individuos libres de cáncer no se había integrado en el genoma.

En general, cuando combinaron el análisis basado en recuentos para determinar la concentración de ADN viral y el análisis basado en el tamaño, la prueba de secuenciación dirigida tuvo una sensibilidad de 97,1%, una especificidad de 99,3% y un VPP de 19,6% una mejora sobre el ensayo de PCR que tuvo un VPP del 11% y requirió muestreo en dos puntos de tiempo. El ensayo de PCR cuando se usó en un punto de tiempo único tuvo un VPP de solo 3,1%. Sin embargo, una ventaja de un enfoque basado en PCR es su bajo costo. En un estudio previo, por ejemplo, los investigadores informaron que el costo de las pruebas fue de solo 30 dólares, en comparación con 80 dólares y mil dólares para las pruebas endoscópicas y de resonancia magnética, respectivamente. El estudio fue publicado el 14 de mayo de 2018 en la revista Proceedings of the National Academy of the Sciences.

Enlace relacionado:
Universidad China de Hong Kong


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