Secuenciación genómica identifica infección del torrente sanguíneo

La diferenciación entre infecciones fúngicas procedentes de una sola fuente puntual contaminada y las adquiridas independientemente del medio ambiente es difícil.

A pesar de los modernos avances en tecnología para controlar la contaminación fúngica en el ámbito clínico, los hongos están implicados de forma continua en grupos o brotes de infecciones en particular entre los pacientes inmunodeprimidos.

Un equipo internacional de científicos dirigidos por aquellos en los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades (Atlanta, GA, EUA) utilizó la tipificación de la secuencia de todo el genoma (WGST) para investigar un brote de infecciones sanguíneas (BSI) por Sarocladium kiliense, asociadas con la recepción de un medicamento contra las náuseas contaminado entre los pacientes oncológicos en Colombia y Chile, durante 2013-2014. Hubo 25 aislados de los brotes, 18 de los pacientes y 7 de los viales del medicamento y 11 aislados control no relacionados con el brote, que se sometieron a WGST para dilucidar una fuente de infección.

Las 36 muestras de ADN fueron preparadas para la secuenciación Illumina (Illumina, San Diego, CA, EUA) mediante el uso de la Biblioteca de Preparación KAPA Biosystems con el kit y el protocolo de PCR estándar (KAPA Biosystems; Wilmington, MA, EUA), con un índice de modificación de 8 pb. Todas las 36 bibliotecas fueron secuenciadas a una longitud de lectura de 100 pb en el sistema de iluminación HiSeq 2500. Todos los aislados de brotes eran casi indistinguibles: se identificaron menos de cinco polimorfismos de nucleótido único, y más de 21.000 polimorfismos de nucleótido único a partir de aislados de control no relacionados, lo que sugiere una fuente puntual para este brote.

Los autores concluyeron que su estudio puso de relieve la utilidad de los métodos moleculares avanzadas para investigar brotes que involucran a los hongos raros. La secuenciación de próxima generación y el análisis de la bioinformática seguirán siendo herramientas críticas de epidemiología molecular en estas investigaciones epidemiológicas. David Engelthaler, PhD, Director de Programas y Operaciones para el Instituto de Investigación de Genómica Traslacional (Flagstaff, AZ, EUA) y coautor del estudio, dijo: “El uso de la tipificación de la secuencia del genoma completo (WGST) para investigar brotes de hongos se ha convertido en parte integral de las investigaciones epidemiológicas. Nuestro análisis WGST demostró que los aislados de los pacientes en Chile y Colombia eran casi genéticamente indistinguibles de los recuperados de los viales de medicación sin abrir, lo que indica la probable presencia de una infección de una sola fuente”. El estudio fue publicado en la edición de marzo de 2016, de la revista Emerging Infectious Diseases.

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Centers for Disease Control and Prevention
Illumina 
KAPA Biosystems
Translational Genomic Research Institute