PCR en tiempo real de frotis orofaríngeos diagnostica neumonía en adultos

La falta de pruebas sensibles y las dificultades para obtener muestras representativas, contribuyen al reto de identificar la etiología en la neumonía. Los hisopos de las vías respiratorias superiores pueden recogerse fácilmente y analizarse con reacción en cadena de la polimerasa, en tiempo real (rtPCR).

 

La etiología microbiana de la neumonía, a menudo, no se detecta a pesar de las extensas pruebas diagnósticas. Los cultivos de sangre carecen de sensibilidad y la obtención de muestras representativas del tracto respiratorio inferior puede ser un reto. Un diagnóstico etiológico permite un tratamiento antimicrobiano específico, una cuestión de creciente importancia a medida que aumentan las tasas de resistencia.

 

Científicos médicos de la Universidad de Islandia (Reikiavik, Islandia), recolectaron de forma prospectiva hisopos orofaríngeos de 239 adultos ingresados en un hospital con neumonía. Los cultivos de sangre fueron recolectados, incubados y cultivados, usando métodos estándar. La prueba del antígeno de la orina (UAT) para Streptococcus pneumoniae (SP) fue realizada utilizando un kit disponible comercialmente: el BinaxNOW Streptococcus pneumoniae (Alere, Waltham, MA, EUA). Se recogió una muestra de frotis orofaríngeo utilizando hisopos estériles con punta de rayón (COPAN Italia, Brescia, Italia), para la rtPCR.

 

El equipo extrajo el ácido nucleico de 200 μL de muestras y la rtPCR fue procesada con un sistema ABI 7900 de 384 pozos (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA). La especificidad de la rtPCR para SP y Haemophilus influenzae (HI) fue ensayada utilizando muestras de referencia que contenían S. mitis, S. oralis y S. sanguinis, además de H. haemolyticus y H. parainfluenzae, respectivamente. No se observó ninguna reacción cruzada con ninguna de las muestras de comparación. La sensibilidad, la especificidad, el valor predictivo positivo (VPP) y el valor predictivo negativo (NPV) de la rtPCR para SP e HI, fueron calculados utilizando resultados combinados y separados de esputo (SP y HI) y de los hemocultivos (SP solamente) y mediante el análisis del antígeno de orina (SP solamente) como una patrón de oro.

 

Cuando los investigadores compararon la rtPCR, con las pruebas convencionales de S. pneumoniae en 57 pacientes con todas las pruebas disponibles, se obtuvo una sensibilidad del 87%, una especificidad del 79%, un VPP igual al 59% y un VPN del 94% y para 67 casos de H. influenzae, la sensibilidad fue del 75%, la especificidad del 80%, el VPP del 45% y el VPN del 94%. Cuando se excluyeron los pacientes con exposición antimicrobiana previa, la sensibilidad mejoró: 92% para S. pneumoniae y 80% para H. influenzae. El análisis de la curva característica de operación del receptor, demostró para S. pneumoniae: AUC = 0,65 y para H. influenzae: AUC = 0,86. El uso de la rtPCR para SP fue identificado en 61 (25,5%) casos y para HI en 50 (20,9%).

 

Los autores concluyeron que el análisis de los hisopos orofaríngeos usando rtPCR resultó ser razonablemente sensible y específico para diagnosticar la neumonía causada por S. pneumoniae y H. influenzae. Este método puede ser un complemento diagnóstico útil para otros métodos y de valor especial en pacientes que no pueden proporcionar muestras representativas de las vías respiratorias inferiores. El estudio fue publicado en línea el siete de noviembre de 2016, en la revista European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases.

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