Se encuentra un biomarcador molecular pronóstico para el linfoma del SNC

El linfoma primario del sistema nervioso central (LPSNC), un subgrupo raro de linfoma difuso de células B grandes (LDCBG) que surge en el sistema nervioso central (SNC), es una variante maligna agresiva del linfoma nodular no Hodgkin (LNH). Los LPSNC representan el 3% de todos los tumores primarios del SNC y el 1% de los LNH en los adultos.

Los microARN (miARN) son ARN reguladores no codificantes pequeños que consisten en aproximadamente 20 nucleótidos que inhiben la función de los genes mediante la supresión de la traducción de los genes diana. La mala regulación de la expresión de miARN y el mecanismo de interferencia de ARN (ARNi) están relacionados con tumores malignos en la leucemia linfocítica crónica y en la leucemia linfoblástica aguda.

Los científicos de la Universidad de Medicina de la Prefectura de Kioto (Kioto, Japón) y sus colegas, descifraron la firma del miARN a través del análisis entre los patrones de expresión de los miARN y su correlación con el pronóstico en 27 muestras de LPSNC. Primero seleccionaron 16 candidatos a miARN de los 847 miARN detectados mediante la técnica de microarrays. Luego, basándose en el análisis de los componentes principales (PCA) después del análisis aleatorio de bosques y el análisis de agrupamiento, determinaron que miR-181b, miR-30d y miR-93 constituían una firma de miARN en el LPSNC.

El ARN total se extrajo de aproximadamente 100 mg de cada tejido tumoral y la calidad del ARN extraído se verificó con un sistema de bioanalizador utilizando los chips Pico de ARN (Agilent Technologies, Tokio, Japón). El ARN se amplificó dos veces y se usó para la hibridación con el Affymetrix GeneChip miARN Array, que comprende 30.424 sondas. Después de la hibridación, los chips de la matriz para la detección de blancos se procesaron, lavaron y colorearon usando la Fluidics Station 450 (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EUA). Se utilizó el Microarray Scanner 3000 de alta resolución para escanear la señal, y se empleó la Estación de Trabajo GCOS Versión 1.3 para el análisis de la calidad de la imagen (Affymetrix Inc, Santa Clara, CA, EUA).

El equipo consideró las pistas pronósticas proporcionadas por el conjunto de genes de 16 miARN y por un subconjunto de tres miARN cuantitativos validados por PCR, encontrados por el análisis de bosque aleatorio, y los análisis de agrupamiento: miR-30d, miR-93 y miR-181b. Los perfiles de expresión para los miARNs de ambas firmas podrían separar con éxito a los pacientes con LPSNC con tasas de supervivencia general pobres o más favorables. El equipo anotó que estos miARN han sido implicados en procesos que van desde la formación de nuevos vasos sanguíneos hasta la migración celular, la proliferación y la función inmunológica, y se expresaron en gran medida en casi la mitad de los LPSNC analizados. El estudio fue publicado el 7 de enero de 2019 en la revista Public Library of Science ONE.

Enlace relacionado:
Universidad de Medicina de la Prefectura de Kioto
Agilent Technologies
Thermo Fisher Scientific
Affymetrix Inc