Genomas de neoplasias neuroendocrinas avanzadas revelan subtipos

Las neoplasias neuroendocrinas metastásicas y localmente avanzadas (aNEN) forman neoplasias malignas clínica y genéticamente heterogéneas, caracterizadas por pronósticos distintos basados en la localización, funcionalidad, grado, índice de proliferación del tumor primario y diversos resultados del tratamiento.

Se hace una distinción clínica entre los carcinomas neuroendocrinos poco diferenciados (NEC) y los tumores neuroendocrinos más diferenciados (NET), estos últimos se subdividen en función de su sitio primario en el páncreas (pNET), el tracto gastrointestinal o el pulmón.

Los oncólogos médicos del Instituto de Cáncer del Centro Médico Erasmus (Rotterdam, Países Bajos) y sus colegas, secuenciaron los genomas de muestras de biopsia de 85 individuos con neoplasias neuroendocrinas localmente avanzadas o metastásicas, incluidas 70 muestras tomadas de lesiones metastásicas y 15 muestras que representaban el tumor primario de los pacientes. Una docena de muestras procedían de casos con sitios desconocidos para los tumores primarios.

El ADN se aisló con un flujo de trabajo automatizado utilizando el kit QiaSymphony DSP DNA Midi para sangre y el kit DSP DNA Mini para las muestras tumorales (Qiagen, Hilden, Alemania). La concentración de ADN se midió mediante cuantificación fluorométrica Qubit (Invitrogen, Life Technologies, Carlsbad, CA, EUA). Las bibliotecas de ADN para la secuenciación de Illumina se generaron a partir de 50-100 ng de ADN genómico y, posteriormente, se secuenciaron el genoma completo en un sistema HiSeq X Ten (Illumina, San Diego, CA, EUA), mediante el protocolo de secuenciación de extremos emparejados (2 ×150 pb), tanto para las muestras de biopsia como de sangre correspondiente.

El equipo observó cargas mutacionales tumorales (TMB) relativamente altas en el carcinoma neuroendocrino, (promedio de 5,45 mutaciones somáticas/Mb) con TP53, KRAS, RB1, CSMD3, APC, CSMD1, LRATD2, TRRAP y MYC como promotores principales frente a una TMB baja general en los tumores neuroendocrinos (1,09). Además, observaron promotores definidos enriquecidos en las aberraciones somáticas en los tumores neuroendocrinos pancreáticos (MEN1, ATRX, DAXX, DMD y CREBBP) y derivados del intestino medio (CDKN1B). Finalmente, el 49% de los pacientes con aNEN revelan posibles dianas terapéuticas basadas en aberraciones somáticas accionables (y sensibles) dentro de su genoma; potencialmente dirigiendo mejoras en las estrategias de tratamiento de aNEN.

Los autores concluyen que su estudio subraya que, si bien aumenta el número de aberraciones genéticas, el inventario de impulsores somáticos no cambia significativamente entre las NEN primarias y metastásicas. Las principales ventajas de caracterizar el panorama genómico de las NEN metastásicas radican en la identificación de objetivos potencialmente accionables y mecanismos inducidos por el tratamiento (resistencia) dentro de la enfermedad en etapa tardía. El estudio fue publicado el 29 de julio de 2021 en la revista Nature Communications.

Enlace relacionado:
Instituto de Cáncer del Centro Médico Erasmus
Invitrogen
Illumina