Secuenciación del genoma completo detecta la transmisión de infecciones en la UCIN

Un nuevo estudio ha demostrado que la secuenciación del genoma completo (WGS) de patógenos bacterianos adquiridos durante la vigilancia en una unidad de cuidados intensivos neonatales (UCIN) puede revelar una transmisión de infecciones significativa que no se detecta con las medidas estándar de control de infecciones. La investigación destaca que incluso en instalaciones médicas bien equipadas y en áreas como la UCIN donde la vigilancia atenta es rutinaria, WGS proporciona un nivel de detección de eventos de transmisión que los métodos actuales no pueden lograr.

Realizado por Next Gen Diagnostics (NGD, West Palm Beach, FL, EUA) e investigadores del Centro Médico de la Universidad de Vanderbilt (VUMC, Nashville, TN, EUA), el estudio analizó 171 muestras de S. aureus de 132 pacientes individuales. Estas muestras se recolectaron durante la vigilancia de rutina en abril, junio y julio y se complementaron con muestras clínicas. Las muestras se secuenciaron utilizando técnicas de secuenciación de lectura corta y se analizaron mediante el sistema automatizado de NGD para determinar la relación de los genomas centrales a nivel de SNP.

Se utilizó un límite estricto de 6 SNP para identificar una posible transmisión, que luego fue evaluada más a fondo por el equipo de prevención de infecciones del VUMC. El análisis encontró que 42 de 132 pacientes (31,8 %) con infecciones por S. aureus estaban vinculados por cadenas de transmisión. En particular, la incidencia de pacientes con infecciones por SARM relacionadas por transmisión fue del 46,8 %, más del doble de la tasa encontrada en pacientes con infecciones por SASM, que se situó en el 21,2 %. El estudio identificó 13 cepas distintas involucradas en estas transmisiones, lo que indica fuentes de propagación localizadas y no detectadas en lugar de un brote en todo el distrito.

"Descubrimos que la WGS de aislamientos de S. aureus obtenidos de hisopos de vigilancia y muestras clínicas revelaron una cantidad significativa de transmisión probable, lo que proporcionó orientación que permitió a nuestro equipo de control de infecciones tomar una serie de acciones con efectos beneficiosos", dijo la Dra. Romney Humphries, profesora de patología, microbiología e inmunología y directora de medicina de laboratorio en VUMC y autora principal del estudio.

"Este resultado, junto con los que surgen de otros centros médicos, del uso de WGS para detectar en lugar de simplemente verificar la transmisión, puede indicar un cambio radical en las mejores prácticas", añadió Tom Talbot, profesor de medicina y director médico de prevención de infecciones en VUMC. "Con un costo suficientemente bajo para la secuenciación y el análisis bioinformático, el uso de WGS para detectar la transmisión, al menos en aquellas salas donde los pacientes corren mayor riesgo, puede convertirse en una práctica de prevención de infecciones más rutinaria".

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