Secuenciación de próxima generación proporciona capacidad de respuesta para identificar patógenos resistentes

De acuerdo con un reciente análisis del mercado, la secuenciación de próxima generación (NGS) puede afectar el sector de enfermedades infecciosas del IVD al superar algunos de los aspectos negativos de las pruebas basadas en la PCR, pues la NGS permite lograr mayor flexibilidad y capacidad de respuesta para la identificación de nuevas cepas patógenas.

La NGS puede ganarse su lugar entre los análisis clínicos pues su uso en los laboratorios se corresponde muy bien con la creciente necesidad de tener una mayor capacidad de respuesta en cuanto a la tipificación de los patógenos y su resistencia a los antimicrobianos, según Kalorama Information (Nueva York, Nueva York, EUA). A menudo, las pruebas moleculares no pueden mantenerse al día, en la medida en que las cepas cambian su conformación, mientras que la secuenciación sí es flexible. La adaptabilidad es un problema para los métodos estándar. La selección de cebadores y de sondas para los análisis moleculares es un proceso bien desarrollado, pero una vez establecidos para el uso rutinario, tales análisis carecen de adaptabilidad. La genética de los fluidos de las cepas y los clones particularmente virulentos y resistentes a los antimicrobianos, a veces les hace escapar a la especificidad de las sondas o los cebadores seleccionados.

“La especificidad es la fortaleza principal del diagnóstico molecular, pero también es una debilidad cuando el desarrollo del análisis no se ajusta a la adaptación microbiana”, dijo Emil Salazar, analista de Kalorama Information, “La NGS puede superar esta limitación gracias a su flexibilidad para detectar cualquier número de variantes genéticas”.

La información de las empresas y del mercado, así como otras tendencias relativas a la NGS y a las infecciones adquiridas durante la atención médica (HAI) están disponibles en dos informes de Kalorama: Mercados para la Secuenciación de Próxima Generación (NGS) en 2015 (Sistemas, Insumos, Servicios, Adquisiciones, Acuerdos, Análisis de la Competencia, Plataformas, Aplicaciones, Propiedad de Marcas y Otras Tendencias) y Mercados del Control de las Infecciones Relacionadas con la Atención Médica (HAI) (Desinfección, Áreas, Esterilización, Esterilización de Dispositivos, Pruebas para C. Diff, Pruebas para SARM, Tratamientos).

Los tipos de análisis establecidos tales como PCR en tiempo real (qPCR) pueden superar un rango analítico estrecho mediante los paneles multiplexados, que son de particular beneficio en el caso de infecciones críticas, pues proporcionan una identificación inequívoca, con menor tiempo de respuesta. Sin embargo, los laboratorios siguen señalando los inconvenientes de los paneles más grandes, que pueden incluir mayores precios para los productos de análisis y una selección inadecuada de los objetivos.

La NGS no podrá reemplazar completamente e. inclusive, tendrá que competir bien con los diagnósticos moleculares comunes, tales como la PCR, que sigue siendo eficaz. Sin embargo, la especificidad de la PCR hace que sea menos adecuada para la epidemiología clínica y la medicina personalizada (dos importantes áreas de crecimiento de los gastos de salud), debido, en particular, al reto desafortunado de las infecciones adquiridas durante la atención médica (HAI). Aún falta mucho para que en el mercado clínico se tengan disponibles kits para análisis multiplexado de las HAI y la mayoría se tienen sólo como pruebas desarrolladas por el laboratorio (LDT) o como servicios de pruebas sin la aprobación previa a la comercialización u otros procesos de autorización.

Con la NGS, la carga se desplaza considerablemente desde el diagnóstico orientado por una hipótesis hacia la interpretación de resultados que contienen mayor información. En el caso de las pruebas para enfermedades infecciosas, el riesgo es considerable, ya que los resultados no se limitan a un solo paciente sino que podrían impactar la salud pública, lo cual justifica una cuidadosa deliberación de los entes reguladores.

El informe de Kalorama analiza de forma exhaustiva los mercados, clínico y de investigación, de la NGS así como las iteraciones que transforman esa tecnología y que ya alcanzan el territorio de la “secuenciación de tercera generación”.

Enlaces relacionados:

Kalorama Information

Next Generation Sequencing (NGS) Markets 2015

Healthcare Associated Infection (HAI) Control Markets