Cepheid y Oxford Nanopore se unen para desarrollar soluciones con secuenciación automatizada

Ambas empresas han completado con éxito un estudio de prueba de concepto que demostró la viabilidad de utilizar el sistema GeneXpert de Cepheid, basado en cartuchos, para la preparación de muestras y bibliotecas en un flujo de trabajo con la plataforma de secuenciación de Oxford Nanopore. Los resultados positivos de la prueba de concepto han allanado el camino para la colaboración estratégica destinada a desarrollar y lanzar un flujo de trabajo conjunto de Uso Único en Investigación (RUO) que permitirá a los clientes aprovechar la secuenciación rápida y rica en información interna para el análisis de enfermedades infecciosas, obteniendo resultados en cuestión de horas en lugar de días. La aplicación inicial del flujo de trabajo se centrará en enfermedades infecciosas, específicamente en la caracterización de patógenos bacterianos y fúngicos, con secuenciación del genoma completo, primero a partir de aislados de cultivo y, posteriormente, directamente a partir de hemocultivos positivos. La colaboración tiene el potencial de expandirse a partir de esta aplicación inicial a otros casos de uso en enfermedades infecciosas, otras áreas como el cáncer y la genética humana, y, eventualmente, a diagnósticos clínicos con aprobación regulatoria.

La colaboración busca ofrecer una solución escalable, automatizada e integral para flujos de trabajo simplificados de secuenciación de nanoporos, que se puedan utilizar en diversos entornos, incluyendo laboratorios que anteriormente no contaban con la experiencia necesaria para realizar secuenciaciones internas. El flujo de trabajo conjunto será compatible con diversas herramientas informáticas de terceros, como EPI2ME de Oxford Nanopore y otras soluciones informáticas de la red de proveedores compatibles de Oxford Nanopore. Cepheid también complementará el flujo de trabajo conjunto ofreciendo directamente una solución informática, que comercializarán mediante una licencia de una empresa líder del sector. Esta plataforma informática proporciona identificación integral de patógenos, detección integral de genes de resistencia a los antimicrobianos, clonalidad basada en SNP para el seguimiento y la vigilancia de brotes, y predicciones genotípicas de susceptibilidad a los antimicrobianos basadas en IA.

"Combinar la facilidad de uso del sistema GeneXpert, el instrumento de diagnóstico por PCR más utilizado a nivel mundial, con la plataforma de secuenciación única de Oxford Nanopore, permite acceder a una gran cantidad de datos de biomarcadores que históricamente han sido técnicamente difíciles de obtener para muchos laboratorios", afirmó Vitor Rocha, presidente de Cepheid. "Ofrecer una solución integrada para caracterizar con mayor eficacia las enfermedades infecciosas, comprender la epidemiología de los brotes bacterianos y analizar la resistencia a los antimicrobianos acelerará significativamente nuestra misión de ampliar el acceso a información molecular crítica. El potencial de expansión futura de esta tecnología a aplicaciones para la atención al paciente es prometedor".

"Esta colaboración representa un avance importante en la creación de nuevas y mejoradas opciones de flujo de trabajo para comprender mejor las enfermedades infecciosas", añadió el Dr. Gordon Sanghera, director ejecutivo de Oxford Nanopore Technologies. "Al asociarnos para integrar nuestros datos más completos, nuestra rápida comprensión y nuestra tecnología de secuenciación accesible y asequible con la arquitectura GeneXpert de Cepheid, estamos sentando las bases de un flujo de trabajo que está preparado para su futura expansión hacia el uso clínico rutinario a gran escala".