Viroma plasmático de los brasileños con síntomas de infección inexplicables

La secuenciación profunda de ácidos nucleicos en muestras clínicas ahora permite la identificación de cualquier agente infeccioso conocido, lo que resulta en mejores capacidades de diagnóstico. También se ha analizado mediante metagenómica la sangre de personas sanas con alta exposición a infecciones virales.

También se puede usar el análisis del plasma como una herramienta de vigilancia de pacientes con síntomas de infecciones virales agudas, como fiebre de origen desconocido, para la detección de virus inesperados o nuevos (previamente no caracterizados). Los análisis metagenómicos del plasma de pacientes con fiebre inexplicable también han llevado a la caracterización de genomas virales, previamente desconocidos.

Un equipo de científicos que colaboran con el Instituto de Investigación Vitalant (San Francisco, CA, EUA) recolectó plasma de pacientes con síntomas similares al dengue entre 2013 y 2016, de los estados brasileños de Tocantins y Amapa. En este estudio, 781 muestras dieron resultados negativos para IgM contra virus Dengue, Zika y Chikungunya y para flavivirus, alfavirus y ARN de enterovirus utilizando RT-PCR que se analizaron mediante metagenómica viral. Los ácidos nucleicos asociados a partículas virales se enriquecieron, se amplificaron aleatoriamente y se secuenciaron en profundidad en 102 mini-mezclas que generaron más de dos mil millones de lecturas. Los datos de secuencia se analizaron para detectar la presencia de lecturas virales eucariotas conocidas y novedosas. Para la detección de ARN virales, se usó un ensayo de qPCR multiplex ZDC (Zika, Dengue, Chikungunya virus) (Bio-Rad Laboratories, Inc.; Hércules, CA, EUA).

Los investigadores informaron que los Anellovirus se detectaron en el 80%, el pegivirus humano 1, en el 19% y el parvovirus B19, en el 17% de las reservas de plasma. El VIH y los enterovirus se detectaron en dos grupos cada uno. También se identificaron genomas virales previamente no caracterizados, y su presencia en muestras de plasma individuales se confirmó por PCR. Los genomas de chapparvovirus y ambidensovirus, ambos de la familia Parvoviridae, se caracterizaron parcialmente mostrando 33% y 34% de identidad en sus secuencias NS1 con su pariente más cercano.

El equipo concluyó que la vigilancia molecular utilizando plasma preexistente de pacientes febriles proporciona un método fácilmente escalable para la detección de nuevos virus, potencialmente emergentes. Las pruebas adicionales del tropismo humano del parvovirus y el densovirus asociados con el plasma humano reportados, requerirán la detección de respuestas de anticuerpos específicos, amplificación viral en células humanas y/o la detección de ARN viral en células de tejidos infectados. El estudio fue publicado el 5 de marzo de 2020 en la revista PLOS ONE.

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Instituto de Investigación Vitalant
Bio-Rad Laboratories