Análisis de amplificación isotérmica mediada por bucle diagnostica rápidamente la COVID-19

La pandemia de SARS-CoV-2 (COVID-19) de 2020 ha dado lugar a requisitos incomparables para los kits de extracción de ARN y las enzimas necesarias para la detección de virus, lo que ha provocado una escasez mundial. Esto ha requerido la exploración de opciones de diagnóstico alternativas para aliviar los problemas de la cadena de suministro.

El ensayo de amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) es robusto, rápido y sencillo, pero conserva una alta sensibilidad. Estas características han hecho que el ensayo LAMP y la inclusión de una transcriptasa inversa (RT-LAMP), se hayan implementado para una amplia gama de aplicaciones de diagnóstico molecular que van desde enfermedades infecciosas, virus, bacterias y parásitos, hasta el cáncer.

Los microbiólogos de la Universidad de Melbourne (Melbourne, Australia) y sus asociados recolectaron 157 hisopados nasofaríngeos positivos confirmados entre el 23 de marzo y el 4 de abril de 2020. El equipo desarrolló una prueba molecular rápida llamada LAMP Optigene, de tubo único para el gen N1 (N1-STOP-LAMP), un ensayo de amplificación isotérmica mediada por bucle de transcriptasa inversa. Se recolectaron hisopos flocados de Copan y se inocularon directamente en el sitio en 1 mL o 3 mL de medio de transporte universal (UTM, Copan Diagnostics, Murrieta, CA, EUA).

Se procesó una alícuota de 200 µL de Copan UTM a través del QIAsymphony DSP Virus/Patógeno mini kit (Qiagen, Hilden, Alemania), en el instrumento QIAsymphony SP. Cada reacción N1-STOP-LAMP se ensambló en tiras Genie de 8 tubos (OptiGene Ltd, Horsham, Reino Unido) o placa de reacción 96-MicroAmp-Fast-Optical (Applied Biosystems, Foster City, CA, EUA). Los tubos de tiras se cargaron en OptiGene Genie-II o Genie-III y se procesaron placas de 96 pozos en un termociclador QuantStudio 7 de Applied Biosystems.

Los científicos informaron que la evaluación del ensayo mediante el análisis de 157 muestras clínicas previamente examinadas por RT-qPCR del gen E, reveló que el ensayo N1-STOP-LAMP tenía una sensibilidad y una especificidad del 87% y 100%, respectivamente. Los resultados fueron rápidos, con un tiempo promedio de positividad (Tp) para 93 muestras clínicas de 14 ± 7 minutos. El equipo también evaluó el desempeño del ensayo en comparación con las pautas de la FDA para la implementación de diagnósticos de uso en emergencias y estableció un límite de detección de 54 dosis infecciosas 50 por mL en cultivo de tejidos (TCID50 mL−1), con una sensibilidad y especificidad satisfactorias del ensayo. Una comparación de 20 muestras clínicas entre cuatro laboratorios mostró una excelente concordancia entre laboratorios; funcionando igualmente bien en tres termocicladores diferentes de uso común, lo que apunta a la solidez del ensayo.

Los autores concluyeron que, con un flujo de trabajo simplificado, el ensayo LAMP Optigene de tubo único del gen N1, es una opción poderosa y escalable para la detección rápida y específica del SARS-CoV-2 y un recurso adicional en el arsenal de diagnóstico contra la COVID-19. El estudio fue publicado el 5 de agosto de 2020 en la revista Journal of Medical Microbiology.

Enlace relacionado:
Universidad de Melbourne
Copan Diagnostics
OptiGene Ltd
Applied Biosystems