Vigilancia genómica a gran escala rastrea bacterias resistentes en hospitales europeos

La resistencia a los antimicrobianos (RAM) representa una amenaza creciente para la seguridad del paciente, ya que las Enterobacterales resistentes a los carbapenémicos causan infecciones difíciles de tratar y limitan las opciones terapéuticas de los médicos. Los hospitales se enfrentan cada vez más a linajes de alto riesgo y genes de carbapenemasas móviles que pueden acelerar la transmisión entre entornos sanitarios y fronteras. Una vigilancia genómica sólida puede ayudar a rastrear esta propagación y a coordinar las respuestas. Los nuevos hallazgos presentan un estudio genómico a nivel europeo sobre Enterobacterales resistentes a carbapenémicos y/o colistina en entornos clínicos.

El Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC) coordinó la encuesta sobre enterobacterias resistentes a carbapenémicos y/o colistina (CCRE), una iniciativa integrada de vigilancia genómica. El programa combina datos epidemiológicos y microbiológicos con secuenciación del genoma completo para delinear los linajes circulantes y los determinantes de resistencia en hospitales. Al estructurar la recopilación y el análisis de datos a escala continental, impulsa el uso rutinario de métodos basados en el genoma para la vigilancia de la RAM.

Realizada en colaboración con la Agencia de Salud Pública de Suecia y el Centro de Vigilancia Genómica de Patógenos del Instituto de Ciencias Pandémicas de la Universidad de Oxford, la encuesta recopiló datos de 2019 de más de 300 hospitales en 36 países. Se trata del segundo esfuerzo genómico estructurado a gran escala tras la Encuesta Europea de Enterobacterias Productoras de Carbapenemasas (EuSCAPE) de 2013-2014, lo que marca un cambio hacia una vigilancia genómica integrada en toda Europa. Además del muestreo, los países participantes se sometieron a evaluaciones de capacidad, capacitación y ejercicios de garantía de calidad externa para integrar los flujos de trabajo genómicos en los laboratorios nacionales de referencia.

En el caso de Klebsiella pneumoniae, los linajes de alto riesgo resistentes a carbapenémicos identificados durante EuSCAPE persistieron en todos los hospitales. El estudio también documentó una mayor adquisición de genes de carbapenemasa por parte de los linajes de K. pneumoniae de alto riesgo, la expansión de nuevos linajes de alto riesgo y una mayor propagación de aislados portadores de genes de virulencia.

En el caso de Escherichia coli, las señales de alerta incluyeron una adquisición más frecuente de genes de carbapenemasa por parte de secuencias de alto riesgo, una mayor propagación clonal de linajes multirresistentes exitosos y una mayor detección de aislamientos que albergan el gen de carbapenemasa NDM-5. Los hallazgos muestran patrones heterogéneos a nivel nacional, que van desde casos esporádicos hasta circulación endémica, e indican un alto riesgo de que la E. coli resistente a carbapenémicos se vuelva endémica sin medidas adicionales de salud pública.

Los resultados se publicaron en The Lancet Microbe en artículos separados sobre K. pneumoniae y E. coli , acompañados de un informe detallado del ECDC. El conjunto de datos CCRE proporciona información de referencia para orientar futuras investigaciones sobre Enterobacterales resistentes a carbapenémicos e informar las acciones de salud pública. La recopilación de datos para la tercera Encuesta Europea de Enterobacterales resistentes a carbapenémicos (CRE25) está en marcha, utilizando un protocolo de muestreo simplificado y una notificación más rápida gracias al aumento de la capacidad de secuenciación del genoma completo en los laboratorios nacionales de referencia.

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