Validan la amplificación de un locus dirigido para el linfoma

La variación estructural (VS) en el genoma es una característica recurrente del cáncer. Las translocaciones (reordenamientos genómicos entre cromosomas) en particular se encuentran como promotores recurrentes en muchos tipos de neoplasias malignas hematolinfoides.

En la patología de diagnóstico de rutina, las biopsias de cáncer se conservan mediante procedimientos de inclusión en parafina y fijados con formalina (FFPE) para el examen de la morfología intracelular. Dichos procedimientos inducen inadvertidamente la fragmentación del ADN, lo que compromete los análisis basados en la secuenciación de los reordenamientos cromosómicos.

Los científicos médicos del Centro Médico Universitario de Utrecht (Utrecht, Países Bajos) y sus colegas, llevaron a cabo un estudio retrospectivo utilizando un conjunto de 129 muestras de tejido de linfoma no Hodgkin de células B de archivo, que fueron seleccionadas por los sitios respectivos. . Los pacientes habían sido diagnosticados en su mayoría como linfomas difusos de células B grandes (LDCBG), pero también se incluyeron linfomas de Burkitt, foliculares y de zona marginal y algunos otros diagnósticos. También se analizaron muestras de control no linfático, en su mayoría muestras de ganglios linfáticos reactivos y muestras de amigdalectomía. Se obtuvieron muestras de tejido FFPE utilizando procedimientos de diagnóstico estándar.

El equipo desarrolló el método de captura de locus dirigido a FFPE (FFPE-TLC) para la secuenciación dirigida de productos de ligadura de proximidad formados en bloques de tejido FFPE, y PLIER, un marco computacional que permite la identificación y caracterización automatizadas de reordenamientos que involucran loci seleccionados, clínicamente relevantes. FFPE-TLC, aplicado a ciegas a 149 linfomas y muestras de control de FFPE, identifica los socios de reordenamiento conocidos y previamente no caracterizados. Este método supera a la hibridación in situ por fluorescencia (FISH) en sensibilidad y especificidad, y muestra claras ventajas sobre los métodos de captura-NGS estándar, encontrando reordenamientos que involucran secuencias repetitivas que normalmente se pasan por alto. El equipo incluyó muestras de biopsia con aguja gruesa en este estudio, que mostró que incluso muestras muy pequeñas producían resultados de FFPE-TLC de buena calidad.

Los autores concluyeron que las muestras FFPE-TLC, combinadas con PLIER, para llamadas de reordenamiento objetivo ofrecen claras ventajas sobre los métodos regulares de captura de NGS y sobre FISH para el diagnóstico molecular de muestras de linfoma en muestras FFPE. El estudio fue publicado el 7 de junio de 2021 en la revista Nature Communications.

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Centro Médico Universitario de Utrecht