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Secuenciación de próxima generación encuentra más mutaciones genéticas para la leucemia

Por el equipo editorial de LabMedica en español
Actualizado el 16 Feb 2021
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Imagen: TruSight Oncology 500 es un ensayo de secuenciación de próxima generación (NGS) que permite realizar el perfil genómico completo interno de muestras tumorales y mide con exactitud biomarcadores inmunooncológicos clave actuales: inestabilidad de microsatélites (MSI) y carga mutacional tumoral (TMB) (Fotografía cortesía de Illumina).
Imagen: TruSight Oncology 500 es un ensayo de secuenciación de próxima generación (NGS) que permite realizar el perfil genómico completo interno de muestras tumorales y mide con exactitud biomarcadores inmunooncológicos clave actuales: inestabilidad de microsatélites (MSI) y carga mutacional tumoral (TMB) (Fotografía cortesía de Illumina).
Las neoplasias mieloides se caracterizan por una proliferación incontrolada y/o defectos en la diferenciación de células progenitoras mieloides anormales. A menudo se cree que los síndromes mielodisplásicos (SMD) y las neoplasias mieloproliferativas (NMP) son precursores de neoplasias mieloides de grado superior, a saber, leucemia mieloide aguda (LMA).

Muchos laboratorios han utilizado paneles dirigidos relativamente pequeños que detectan puntos críticos de mutación prominentes en menos de 50 genes. Aunque este enfoque es rentable en tiempo y dinero con un análisis de datos y una complejidad de informes mínimos, produce un perfil mutacional incompleto, omitiendo varias mutaciones importantes conocidas de puntos críticos.

Los patólogos de la Facultad de Medicina de Georgia (Augusta, GA, EUA) incluyeron a 40 pacientes con muestras de neoplasias mieloides en un estudio; la información clínica estaba disponible para 27 pacientes. Los investigadores analizaron retrospectivamente 61 muestras de médula ósea. El ADN se aisló de los aspirados de médula ósea con el kit QIAamp DNA Blood Mini (QIAGEN, Hilden, Alemania). Se utilizó el espectrofotómetro Nanodrop para analizar la calidad del ADN, considerándose aceptable un valor de DO260/280 entre 1,7 y 2,2.

El ADN bicatenario se midió con el kit de análisis de amplio rango Qubit dsDNA (Invitrogen, Carlsbad CA, EUA) y se usaron 120 ng de ADNg para la preparación de la biblioteca. El equipo evaluó el desempeño clínico y la utilidad de un panel NGS completo de 523 genes (Illumina, San Diego, CA, EUA) para la detección de neoplasias mieloides. El panel integral de secuenciación de próxima generación (NGS) de alto rendimiento se validó para variantes de un solo nucleótido (VSN) e indels/duplicaciones en neoplasias mieloides.

Los científicos informaron que el panel más grande identificó 880 variantes en 292 genes, y solo el 14,8% de las variantes estaban en genes incluidos en el panel más pequeño de 54 genes, que actualmente utilizan muchos laboratorios. Las 749 variantes restantes no se evalúan normalmente en un diagnóstico de leucemia ni se detectan mediante el panel de 54 genes. Cuando observaron la información disponible sobre esas 749 variantes en el seguimiento, encontraron que al menos 14 de las variantes en 10 genes probablemente podrían contribuir a la LMA y el 96,2% de los pacientes tenían al menos una de las 14 variantes nuevas. También encontraron 22 variantes en otros cinco genes asociados con otros tipos de tumores en la gran mayoría de los pacientes con LMA.

Los autores concluyeron que el panel integral empleado en su estudio demostró su facilidad de uso y utilidad clínica para las neoplasias mieloides. El panel tiene una amplia cobertura en todo el genoma, para variantes significativamente más allá de las capturadas en las plataformas NGS existentes para neoplasias hematológicas. El estudio se publicó originalmente el 19 de octubre de 2020 en la revista PLOS ONE.

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