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El cáncer colorrectal metastásico está asociado con factores de transcripción

Por el equipo editorial de Labmedica en español
Actualizado el 09 Jan 2019
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Imagen: El array 6.0 GeneChip SNP de todo el genoma (Fotografía cortesía de Affymetrix).
Imagen: El array 6.0 GeneChip SNP de todo el genoma (Fotografía cortesía de Affymetrix).
El cáncer colorrectal (CCR) es un tipo de tumor humano maligno con alta mortalidad en todo el mundo. La incidencia de cáncer colorrectal muestra una diferencia de género y los ancianos son más propensos a sufrirlo.

La patogenia del cáncer colorrectal es compleja, y algunos factores pueden aumentar el riesgo, como la enfermedad inflamatoria intestinal, la raza, el historial de tabaquismo, la composición de la dieta, etc. Hasta ahora, la metástasis tumoral sigue siendo el factor letal dominante del cáncer colorrectal que no se puede controlar de manera efectiva.

Un científico de la Universidad de Tsinghua (Beijing, China) y su colega utilizaron datos disponibles de la secuencia de ARN, el genotipo basado en array, la metilación del ADN y del análisis de proteínas basadas en espectrometría de masas, para analizar muestras de casi 600 pacientes con CCR con o sin metástasis. Los dos científicos consideraron patrones en los datos proteómicos obtenidos con cromatografía líquida-espectrometría de masas en 11 pacientes con CCR con metástasis y 79 sin, del Consorcio de Análisis de Tumores Proteómicos Clínicos (CPTAC), junto con datos de secuencias de ARN para 598 individuos con CCR evaluados para el proyecto del Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA), que incluyó a 88 individuos con metástasis.

El dúo obtuvo 589 archivos de segmento de número de copias enmascarados únicos (plataforma Affymetrix SNP 6.0, Santa Clara, CA, EUA) y 371 conjuntos de datos únicos de metilación de ADN (plataforma Illumina Human Methylation 450, San Diego, CA, EUA) de pacientes COAD y READ del portal de datos GDC del NCI. Cuando compararon los perfiles de transcripción y expresión de proteínas en muestras de tumores de los casos con metástasis y sin metástasis, observaron niveles alterados para ocho factores de transcripción, particularmente los cambios de expresión que parecían derivarse de la variación del número de copias.

El equipo informó que la transcripción y la expresión de proteínas de cuatro factores de transcripción: HNF4A, HSF1, MECP2 y RAD21, parecieron cambiar en el CCR metastásico, lo que provocó análisis bioinformáticos subsiguientes, de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina, y de ATAC-seq, para reducir los objetivos de los factores de transcripción y los ARN largos no codificantes (lncARN) que interactúan con ellos. También identificaron biomarcadores candidatos para metástasis, así como miles de posibles genes diana para los factores de transcripción. El último conjunto se enriqueció para los genes de vías que incluyen la señalización WNT, la transducción de señales RAS, la migración celular y otros procesos previamente implicados en las metástasis de otros tipos de tumores.

Los autores explicaron que, en vista de la alta heterogeneidad de las metástasis del cáncer colorrectal, es urgente identificar objetivos moleculares para el tratamiento clínico. Su trabajo demostró exhaustivamente las funciones intrínsecas de cuatro factores de transcripción en la metástasis del cáncer colorrectal, que pueden ampliar nuestro conocimiento sobre los mecanismos subyacentes. El estudio fue publicado el 13 de diciembre de 2018 en la revista Scientific Reports.

Enlace relacionado:
Universidad de Tsinghua
Affymetrix
Illumina




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