Se valida una prueba de clasificación genómica para la enfermedad pulmonar

En el contexto clínico apropiado, el diagnóstico de fibrosis pulmonar idiopática (FPI) requiere la presencia de un patrón de neumonía intersticial habitual en la tomografía computarizada de tórax de alta resolución (TCAR) o en una biopsia pulmonar quirúrgica.

En los casos en que la tomografía computarizada no es concluyente, el diagnóstico a menudo se realiza mediante una biopsia pulmonar quirúrgica, que puede causar complicaciones. Un diagnóstico correcto es importante porque los pacientes diagnosticados con enfermedad pulmonar intersticial diferente a una FPI a menudo se tratan con inmunosupresores, que pueden ser perjudiciales si ese paciente realmente tiene una FPI.

Un gran equipo de científicos que trabajan en el Centro Médico de la Universidad de Washington (Seattle, WA, EUA) reclutó prospectivamente a 237 pacientes para este estudio usando una parte de los participantes en el estudio de Recolección de Muestras Bronquiales para una Prueba Genómica Novedosa (BRAVE) en 29 sitios de Estados Unidos y Europa. Los diagnósticos histopatológicos fueron realizados por patólogos experimentados. Se tomaron de tres a cinco muestras de biopsia de pulmón transbronquial de todos los pacientes específicamente para este estudio, se agruparon por paciente y se extrajeron para secuenciación transcriptómica.

Después de las exclusiones, se utilizaron los datos histopatológicos de diagnóstico y la secuencia de ARN de los 90 pacientes para entrenar un algoritmo de aprendizaje automático (Envisia Genomic Classifier, Veracyte, Sur de San Francisco, CA, EUA) con el fin de identificar un patrón de neumonía intersticial habitual. El objetivo principal del estudio fue la validación del clasificador en 49 pacientes en comparación con el diagnóstico histopatológico. Para evaluar la utilidad clínica, compararon la concordancia y el nivel de confianza del diagnóstico realizado por equipos centrales multidisciplinarios basados en información clínica anonimizada y resultados de radiología más el clasificador molecular o los resultados de la histopatología.

En general, para los 94 pacientes analizados, los dos equipos concordaron el 86% de las veces. Para 46 pacientes, en los que la histopatología fue diagnóstica, los equipos informaron tener confianza en su diagnóstico para 29 casos cuando solo utilizaron histopatología para diagnosticar y 22 casos cuando usaron Envisia, una diferencia estadísticamente insignificante. En 48 pacientes para los que la histopatología no dio un diagnóstico o un resultado clasificable, los equipos informaron que realizaron diagnósticos confiables en 30 casos con Envisia y 20 con resultados de histopatología.

Los autores concluyeron que la prueba molecular proporcionaba un método objetivo para ayudar a los médicos y equipos multidisciplinarios a determinar un diagnóstico de FPI, en particular para pacientes sin un diagnóstico radiológico claro, en muestras que se pueden obtener con un método menos invasivo. Se planean más estudios prospectivos de validación clínica y utilidad. El estudio fue publicado el 1 de abril de 2019 en la revista Lancet Respiratory Medicine.

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Centro Médico de la Universidad de Washington
Veracyte