Secuenciación podría complementar otros métodos de cribado de recién nacidos

Es posible que los métodos basados en la secuenciación no reemplacen el cribado del recién nacido con base bioquímica o fenotípica, pero pueden complementar esos enfoques.

Los genetistas de la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill (Chapel Hill, NC, EUA) y sus colegas, examinaron el uso de la secuenciación del exoma (SE) para el NBS en el proyecto de Cribado Universal para la Secuenciación del Exoma del Recién Nacido de Carolina del Norte (NC NEXUS), que compara el rendimiento de la SE utilizada en un contexto de detección versus diagnóstico. Reclutaron, en un estudio, a 17 niños con errores innatos del metabolismo, 28 niños con pérdida auditiva y 61 bebés sanos. A cada niño se le realizó un cribado neonatal basado en secuenciación de próxima generación utilizando un panel de 466 genes. De las 46 variantes detectadas en esta cohorte mediante la secuenciación del exoma, 43 se confirmaron ortogonalmente en un laboratorio certificado por CLIA.

El equipo informó que, dentro de la cohorte metabólica, el cribado basado en secuenciación descubrió un resultado anormal en 15 de los 17 participantes. Por ejemplo, siete niños que tenían fenilcetonuria tenían variantes patológicas en HAP, siete niños con deficiencia de acil-coA deshidrogenasa de cadena media, tenían variantes patogénicas en ACADM y un niño con deficiencia primaria de carnitina era homocigoto para una variante patógena sin sentido de SLC22A5.

Sin embargo, en la cohorte de pérdida auditiva, el cribado neonatal basado en secuenciación de próxima generación arrojó resultados positivos solo en cinco de los 28 participantes. Entre ellos había dos niños que eran heterocigotos compuestos para variantes en un gen del síndrome de Usher y un niño que tenía una deleción de cambio de marco de un par de bases en el gen GJB2, que está relacionado con la sordera no sindrómica DFNB1.

En la cohorte completa, el cribado basado en la secuenciación identificó a cuatro niños con resultados positivos, una variante relacionada con la hipercolesterolemia familiar, una variante sin sentido asociada con una deficiencia leve de ornitina transcarbamilasa (OTC), una variante del sitio de empalme en DSC2 vinculada a la displasia ventricular derecha arritmogénica, autosómica, dominante y dos variantes de F11 relacionadas con la deficiencia autosómica recesiva del factor XI.

Los autores concluyeron que, dado que el cribado basado en secuenciación omitió algunos resultados metabólicos y de pérdida auditiva, probablemente no reemplazaría los métodos de cribado actuales, pero que se podía usar en conjunto con ellos. Estos hallazgos sugieren que la secuenciación podría ser útil como complemento de los métodos tradicionales de NBS y que con una mejor detección de variantes y bases de datos interpretativas más extensas, el valor predictivo positivo del cribado genómico puede mejorar. El estudio fue publicado el 26 de agosto de 2020 en la revista American Journal of Human Genetics.

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Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill