Herramienta nueva en la web monitoriza la emergencia de las variantes del SARS-CoV-2 y su impacto sobre las pruebas diagnósticas para la COVID-19

Una nueva herramienta de acceso abierto proporciona a los virólogos y desarrolladores de pruebas para la COVID-19 información sobre las últimas variantes virales y diseños de cebadores utilizados en todo el mundo.

New England Biolabs, Inc. (Ipswich, MA, EUA) lanzó una herramienta basada en la web para monitorear la aparición de variantes del SARS-CoV-2 y su impacto potencial en las pruebas de diagnóstico de COVID-19. La herramienta Primer Monitor, que se actualiza periódicamente, proporciona una visualización simple de las variantes conocidas identificadas en el genoma del SARS-CoV-2 y ofrece información sobre dónde puede ser útil la evaluación de conjuntos de cebadores comúnmente utilizados o definidos por el usuario.

A medida que el virus SARS-CoV-2 se sigue propagando y mutando, se han planteado preocupaciones sobre la eficacia de las pruebas de diagnóstico actuales para detectar nuevas cepas del virus. La Administración de Alimentos y Medicamentos de EUA (FDA) emitió una guía que aconseja a los desarrolladores de diagnóstico de COVID-19 que evalúen el impacto de las variantes emergentes y futuras del SARS-CoV-2 en las pruebas de diagnóstico actuales mediante el monitoreo rutinario de la alineación de secuencias de cebadores/sondas con las bases de datos de genomas para el SARS-CoV-2 de acceso abierto, como GISAID, una iniciativa científica global y fuente primaria que proporciona acceso abierto a los datos genómicos de virus de influenza y el nuevo coronavirus responsable de la COVID-19.

“Con la publicación de la guía de la FDA, vimos la necesidad de crear una herramienta en línea para investigadores y desarrolladores de diagnósticos que pudiera visualizar todos los datos genómicos y variantes de SARS-CoV-2 cargados en la base de datos de GISAID”, dijo Steven Chiu, Gerente de marketing de productos, Amplificación de ADN, en NEB. “La herramienta está precargada con las secuencias de cebadores de uso común de ensayos de qPCR y LAMP de SARS-CoV-2 y flujos de trabajo de secuenciación ARTIC (actualmente v3). Los usuarios pueden monitorear esos conjuntos de cebadores predefinidos, así como cargar sus propias secuencias de interés, con la opción de suscribirse y recibir alertas en caso de que la variación cruce un umbral específico en una región geográfica de interés”.

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New England Biolabs, Inc.