La secuenciación metagenómica permite diagnóstico rápido de infecciones respiratorias en fibrosis quística

El uso prolongado de antibióticos puede alterar el microbioma de las vías respiratorias, favorecer la resistencia a los antimicrobianos y complicar los esfuerzos por seleccionar terapias dirigidas.

Por ello, la identificación rápida y precisa de patógenos y determinantes de resistencia es esencial para un manejo clínico eficaz. Nuevos hallazgos destacan cómo la secuenciación de ADN puede mejorar la detección y la caracterización de las infecciones respiratorias, respaldando decisiones de tratamiento más precisas.

Investigadores de Flinders University examinaron el uso de lecturas de secuenciación de ADN para identificar con mayor precisión las infecciones microbianas en la fibrosis quística y otras enfermedades respiratorias. El enfoque se describe en un estudio publicado en Clinical Microbiology Reviews el 3 de agosto de 2026 y se considera en el contexto de las terapias moduladoras de CFTR, que han transformado el curso de la enfermedad para muchos pacientes.

Los investigadores subrayan que una vigilancia microbiana integral mediante tecnologías de secuenciación será importante para comprender cómo los moduladores de CFTR reconfiguran con el tiempo el microbioma de las vías respiratorias. Al mejorar la precisión diagnóstica y aportar una mayor comprensión de los patógenos y la resistencia a los antimicrobianos, los enfoques basados en la secuenciación podrían ayudar a los clínicos a reducir los riesgos asociados con la exposición extensiva a antibióticos y a adaptar mejor el tratamiento.

La tecnología se centra en la secuenciación metagenómica respiratoria y en análisis relacionados a nivel de lectura, lo que permite a los investigadores caracterizar comunidades microbianas completas de las vías respiratorias en lugar de buscar patógenos individuales. Según la institución, la secuenciación puede seguir los cambios en el microbioma, detectar infecciones más rápidamente que los métodos de laboratorio tradicionales e identificar resistencia a los antimicrobianos.

El enfoque también puede revelar la composición y diversidad de la comunidad, la variación a nivel de cepa, los genes de resistencia a los antimicrobianos, los determinantes de virulencia y las funciones metabólicas microbianas. Al analizar estas características directamente a partir de muestras clínicas, los métodos basados en la secuenciación pueden acelerar la identificación de los organismos y ayudar a orientar un tratamiento antimicrobiano más dirigido.

Las posibles vías de implementación incluyen dispositivos de secuenciación portátiles, algunos no más grandes que un teléfono móvil y conectados a una computadora portátil, que podrían llevar las pruebas rápidas tanto a hospitales como a entornos remotos y rurales. Aunque estas herramientas ya se están adoptando en algunos entornos asistenciales, los autores señalan que aún se necesita una evaluación adicional antes de que puedan integrarse en la práctica clínica rutinaria en Australia.

La tecnología también puede tener aplicaciones más allá de la fibrosis quística, al favorecer un diagnóstico más temprano y un tratamiento más preciso en una variedad de afecciones respiratorias y otras afecciones de origen microbiano. En conjunto, la revisión destaca el potencial de los flujos de trabajo de secuenciación rápida para permitir la vigilancia de patógenos en tiempo real y estrategias antimicrobianas más personalizadas.

“La secuenciación de ADN está transformando la forma en que diagnosticamos y tratamos las infecciones, revelando comunidades microbianas completas en lugar de patógenos individuales y allanando el camino para un tratamiento más rápido, preciso y personalizado”, afirmó Rob Edwards, profesor de bioinformática en la Universidad Flinders.

“La secuenciación metagenómica respiratoria ya se está introduciendo en las unidades de cuidados intensivos del Reino Unido para ofrecer un diagnóstico más rápido de las infecciones respiratorias graves y orientar la terapia antimicrobiana”, dijo la Dra. Jessica Carlson-Jones, investigadora asociada en el Acelerador Flinders para la Exploración del Microbioma (FAME).

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Universidad Flinders