Análisis integral de miARN en células madre con tecnología de microfluidos

Se ha demostrado que los microARN (miARN) son los reguladores claves de la hematopoyesis. Sin embargo, no se ha definido el análisis detallado de la expresión durante todo el desarrollo hematopoyético, debido principalmente a dificultades en obtener muestras altamente purificadas de células madre y progenitoras, así como de analizar cientos de miARN, a partir de números celulares bajos. Para resolver estas limitaciones, los investigadores han demostrado como se combinaron las tecnologías de microfluidos con un método de reacción de cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real, 288-plex, permitiendo la detección de 288 miARN en un número pequeño de células (c. 3.000).

Los investigadores, de la Agencia de Cáncer de la BC (Vancouver, Canadá) y la Universidad de la Columbia Británica (Vancouver, Canadá), revelaron como se aislaron más de 20 poblaciones hematopoyéticas murinas únicas, mediante la clasificación de las células por fluorescencia activada (FACS), incluyendo células madre hematopoyéticas (HSC), células progenitoras mieloides y linfoides y poblaciones con un linaje maduro. Se realizaron varios miles de reacciones con volúmenes en los nanolitros usando las Hileras Dinámicas BioMark 48.48 de Fluidigm (Sur de San Francisco, CA, EUA) y sondas TaqMan específicas para miARN, desarrolladas por Applied Biosystems (Brisbane, CA, EUA) osystems.com). Para cada miARN se usaron estándares sintéticos de miARN para determinar el número absoluto de miARN por célula; 133 de los 288 miARNs analizados fueron detectados en varias poblaciones celulares.

Los investigadores concluyeron que la hilera dinámica de Fluidigm suministra un método rápido, sensible y costo-efectivo para el análisis de los miARNs en poblaciones celulares raras. Se mostró que la sensibilidad de la hilera dinámica de Fluidigm detecta la heterogeneidad en la expresión de miARN al nivel de una sola célula en poblaciones purificadas.

El sistema Fluidigm BioMark usa una tecnología de circuitos fluidos integrada para reducir la complejidad, mejorar la eficiencia con precisión de nanolitros y suministrar ahorros significativos en los costos (menos reactivos y muestras más pequeñas) para aplicaciones de PCR de alta eficiencia. La Hilera Dinámica 48.48 de Fluidigm es capaz de realizar 2.304 experimentos simultáneos de PCR en tiempo real, realizando análisis TaqMan, estándar de oro, en cantidades de nanolitros.

Fluidigm desarrolla, fabrica y vende sistemas de circuitos fluidos integrados (IFC), patentados, que mejoran significativamente la productividad en la investigación en biología. Los IFCs de Fluidigm permiten el desempeño simultáneo de miles de mediciones bioquímicas avanzadas en cantidades extremadamente pequeñas. Estos "circuitos integrados para biología” son posibles miniaturizando e integrando componentes de manejo de líquidos en un solo dispositivo de manejo de fluidos (IFC). Los sistemas de Fluidigm, que consisten de instrumentación, software y chips de un solo uso, aumentan la eficiencia, disminuyen los costos y aumentan la sensibilidad en comparación con los sistemas tradicionales de laboratorio. Los productos de Fluidigm no han recibido la aprobación de la Administración de Alimentos y Drogas para uso diagnóstico y solamente están disponibles para investigación.

La investigación fue nominada como mejor poster en RNAi Europa, en Septiembre 2009, realizado en Berlín, Alemania.

Enlace relacionado:
BC Cancer Agency 
University of British Columbia
Fluidigm
Applied Biosystems