Evalúan dispositivo de secuenciación de ADN en miniatura

El desempeño de un dispositivo de mano, de secuenciación del ADN en miniatura, ha sido evaluado por un consorcio internacional abierto, y están disponibles las recomendaciones y protocolos resultantes.

El novedoso dispositivo abre nuevas posibilidades para el uso de la tecnología de secuenciación en el campo, por ejemplo, y para hacer el seguimiento de los brotes de enfermedades, poniendo a prueba los alimentos envasados o el tráfico de especies protegidas.

Un equipo internacional de científicos dirigido por los del Centro del Wellcome Trust de Genética Humana (Oxford, Reino Unido), llevaron a cabo dos series de diez investigaciones para la misma cepa de Escherichia coli (cepa K-12 sub-cepa MG1655), utilizando un protocolo único, compartido. La exactitud y la reproducibilidad de los datos fueron consistentes entre los laboratorios y de buena calidad. Cada grupo utilizó los mismos protocolos para obtener ADN genómico total a partir de células en cultivos frescos, fragmentando el ADN, preparando bibliotecas y secuenciando las bibliotecas utilizando el dispositivo.

El dispositivo, el MinION (Oxford Nanopore; Oxford, Reino Unido) funciona mediante la detección de bases de ADN individuales que pasan a través de un nanoporo y, a diferencia de las tecnologías de secuenciación existentes, hay pocos límites de detección inherentes en la longitud de la secuencia de ADN que se podía leer en un intento. El dispositivo MinIONse puso inicialmente a disposición de miles de laboratorios de todo el mundo, que se inspiraron para explorar la tecnología y contribuir a su desarrollo a través del Programa de Acceso MinION (MAP).

Marcos Akeson, PhD, profesor de la Universidad de California Santa Cruz (EUA), co-inventor de la secuenciación por nanoporos, y consultor de Oxford Nanopore, dijo: “El dispositivo funciona bien ahora, en particular para genomas virales y bacterianos, así que usted lo puede enviar a cualquier parte y saber que van a obtener el mismo resultado. Estamos buscando una democratización de la secuenciación en un futuro no muy lejano. Eso está cambiando las cosas para la gente que necesita resolver problemas críticos en entornos difíciles, como el seguimiento de las cepas de Ébola durante el reciente brote en África Occidental”. El estudio fue publicado en línea el 15 de octubre de 2015, en la revista F1000Research.

Enlaces relacionados:

Wellcome Trust Centre for Human Genetics
Oxford Nanopore
University of California Santa Cruz