PCR enriquece mutaciones del ADN en muestras

La tecnología de la reacción de la polimerasa de cadena en frío (PCR) enriquece las mutaciones en muestras donde predomina el ADN normal.

La tecnología ayuda a detectar las mutaciones relacionadas con el cáncer, en el que se presentan mutaciones críticas en un porcentaje muy bajo, en comparación el ADN normal, como en la sangre y la orina, o en muestras de tejidos que contienen principalmente células normales. Esto permitiría que los médicos usen métodos menos invasivos para el análisis genético y el uso más eficiente de las muestras de tejido tumoral. Adicionalmente, el método puede aumentar la detección de la emergencia de mutaciones resistentes a las drogas, en el cáncer, permitiendo la detección temprana de las recaídas.

Transgenomic (Omaha, NE, EUA), una compañía de biotecnología, ha obtenido una licencia para la reacción de la polimerasa de cadena (PCR) en frío del Instituto de Cáncer Dana Farber (Boston, MA, EUA). Eric Kaldjian, director científico en Transgenomic, dijo: "La PCR-fría tiene el potencial de aumentar aún más la sensibilidad de los productos de Nucleasa Surveyor y DHPLC [cromatografía líquida de alta resolución desnaturalizante] WAVE, de Transgenomic, para la detección de mutaciones en el cáncer y las enfermedades de la mitocondria. En combinación, la PCR-fría y WAVE/Surveyor tienen el potencial de detectar una copia mutante de ADN entre miles o hasta diez mil copias normales. Esto será particularmente valioso para la detección de mutaciones relacionadas con el cáncer, de ADN libre en sangre y fluidos corporales y para producir un perfil de mutaciones de tumores primarios y predecir la resistencia a terapias dirigidas. También tendría aplicación en el análisis de heteroplasmias de ADN mitocondrial.

Cuando las muestras de ADN mutante y de referencia del mismo gen se mezclan y vuelven a formar anillos, las variaciones entre estas secuencias hacen que se formen hetero-dúplex de ADN de doble cadena. El sistema WAVE emplea la HPLC desnaturalizante para separar estos homo- y hetero-dúplex mediante HPLC de apareamiento de iones, en fase reversa. Alternativamente, la Nucleasa Surveyor de Transgenomic rompe estos heterodúplex con gran especificidad en sitios de mal apareamiento de las bases o con inserciones/deleciones pequeñas. Es una herramienta robusta y confiable para analizar variaciones en el ADN, especialmente donde los alelos mutantes están en concentraciones muy bajas dentro de la muestra (menos del 1% de la concentración total del alelo salvaje).

Los protocolos de PCR-fría amplifican preferencialmente los heterodúplex, de tal manera, que los alelos mutantes se enriquecen en comparación con los alelos normales. El intervalo de enriquecimiento demostrado hasta la fecha, varía entre tres y cien veces, lo cual contribuirá con el objetivo de Transgenomic de lograr una relación de 1/10.000 de alelos mutantes a normales en un protocolo rutinario, costo-efectivo y de alta eficiencia. Este nivel de detección permitirá el análisis directo, mediante tejidos sustitutos, como la sangre y la orina.

Transgenomic suministra productos y servicios para el análisis de mutaciones y de variaciones genéticas, automatizados, de alta sensibilidad. La compañía ofrece sistemas, productos, descubrimientos y servicios de análisis de laboratorio, para los laboratorios clínicos y los mercados académicos y de investigación médica y farmacéuticos en el campo de la farmacogenómica y la medicina personalizada.

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Transgenomic
Dana-Farber Cancer Institute