Un panel ampliado de secuenciación permite perfilar variantes en neoplasias mieloides

Las neoplasias mieloides requieren perfilado molecular para detectar variantes relevantes para la caracterización de la enfermedad y la investigación. Las duplicaciones en tándem internas de FLT3 se presentan en un 20–30% estimado de los casos de leucemia mieloide aguda de novo y se asocian con un mal pronóstico, pero las inserciones repetitivas más largas pueden ser difíciles de dimensionar con precisión para los ensayos de secuenciación de lectura corta. Ahora, un panel de reciente lanzamiento, solo para uso en investigación, amplía la cobertura de genes mieloides y mejora la detección de duplicaciones en tándem internas de FLT3 largas y múltiples.

Pillar Biosciences (Natick, MA, USA) ha lanzado el oncoReveal Myeloid v2 Panel, un panel de ADN de secuenciación de nueva generación (NGS) ampliado, solo para uso en investigación (RUO), para neoplasias mieloides. El panel amplía el oncoReveal Myeloid Panel original de 58 a 80 dianas génicas. Añade 22 genes y conserva todo el contenido anterior, lo que ofrece a los laboratorios una cobertura más amplia relevante para las guías clínicas sin interrumpir los flujos de trabajo existentes.

La nueva versión utiliza la química SLIMamp patentada de Pillar y la herramienta de diseño de cebadores VersaTile para respaldar la ampliación del panel. Solo cuatro de los 766 amplicones originales que cubren los 58 genes originales se modificaron para acomodar el contenido ampliado. El panel también se combina con la informática PiVAT para respaldar la detección y la determinación del tamaño de las duplicaciones en tándem internas de FLT3 utilizando secuenciación estándar de lectura corta de 2 x 150 pb.

En una evaluación independiente de 111 muestras, incluidas 23 muestras positivas para FLT3-ITD con duplicaciones internas en tándem de entre 12 pb y 279 pb, el panel y la herramienta informática PiVAT detectaron y determinaron con precisión el tamaño de estas variantes. La evaluación incluyó duplicaciones internas en tándem de hasta 279 pb y nueve muestras con entre dos y cuatro duplicaciones internas en tándem simultáneas.

Las duplicaciones internas en tándem de FLT3 se detectaron con una frecuencia alélica de variante del 1 % o inferior. Las frecuencias alélicas de variante obtenidas mediante NGS mostraron una tendencia consistente con las proporciones alélicas determinadas mediante análisis ortogonal de fragmentos basado en electroforesis capilar en las distintas longitudes de duplicación interna en tándem evaluadas.

La detección de duplicaciones en tándem internas largas y múltiples en una sola corrida de NGS puede identificar poblaciones clonales distintas dentro de la misma muestra. Cada población puede tener su propia longitud de duplicación en tándem interna y su propia frecuencia alélica de variante. Este nivel de detalle puede quedar oculto por una única relación alélica basada en electroforesis capilar.

“Con oncoReveal Myeloid v2, ampliamos de forma significativa nuestro contenido génico mieloide al tiempo que preservamos el contenido de panel de confianza en el que los laboratorios ya confían. También invertimos un esfuerzo considerable en la detección de FLT3-ITD para que los laboratorios puedan obtener llamadas precisas, resueltas a nivel de pares de bases, para ITD largas y múltiples sin tener que recurrir por defecto a un flujo de trabajo de análisis de fragmentos por separado”, afirmó ShiPing Zou, director sénior de Gestión de Producto en Pillar Biosciences.

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