Plataforma de microhileras demuestra alto desempeño y rentabilidad

Una comparación objetiva de las plataformas de hileras con baldosas usando blancos diseñados de ADN, demostró su alto desempeño y rentabilidad.

El estudio organizado por miembros del consorcio de la Enciclopedia de Elementos de ADN (ENCODE; Bethesda, MD, USA; www.genome.gov/10005107) y la Universidad de Carolina del Norte en Chapel Hill (Chapel Hill, NC, USA; www.unc.edu), el Instituto de Cáncer Dana-Farber (Boston, MA, USA; www.dana-farber.org), y la Universidad de Stanford (Stanford, CA, USA; www.stanford.edu) evaluó las microhileras de ADN de Agilent (Santa Clara, CA, USA; www.agilent.com), Affymetrix (Santa Clara, CA, USA; www.affymetrix.com), y Nimblegen (Madison, WI, USA; www.nimblegen.com), usados en siete laboratorios independientes.

La composición del ADN en el estudio fue diseñada para simular la inmunoprecipitación de la cromatina (ChIP) o los experimentos de amplificación del número de copias en un intervalo dinámico amplio. Para garantizar una evaluación justa, no se reveló la composición a los participantes. Esto posibilitó la evaluación cuantitativa de la sensibilidad y especificidad de la plataforma para detectar y cuantificar un estándar predefinido, sin sesgo.

Las plataformas fueron comparadas usando su densidad de baldosas más amplia. Al evaluar los resultados de los algoritmos comparables, Agilent logró consistentemente los puntajes equivalente más altos, pero con menos sondas, la mitad de los replicados y menos ADN en la muestra que cualquiera de las otras plataformas.

El estudio encontró que las microhileras con oligonucleótidos más largos (60-nt) como las de Agilent eran más sensibles para detectar muy poco enriquecimiento, o número de copias. Adicionalmente, Agilent demostró los niveles más altos de sensibilidad y especificidad por sonda, en algunos casos en órdenes de magnitud, en una gama de densidades de baldosas simuladas.

"Agilent demostró que era la plataforma de oligo-largos más rentable en un intervalo amplio de densidades de baldosas importantes no solamente para los análisis ChIP-en-chip sino también para los aCGH [hileras de hibridización genómica comparativas]”, dijo Yvonne Linney, Ph.D., VP y gerente general del negocio de Genómica de Agilent. "La ventaja en el costo es el resultado del desempeño superior de nuestras sondas, que se debe a la alta calidad de nuestra síntesis de oligonucleótidos in situ SurePrint, combinada con nuestros algoritmos robustos de diseño de pruebas. El fondo del asunto es que el mejor desempeño de las sondas de Agilent hace posible obtener más datos con menos características.

El estudio fue publicado en la revista Genome Research en Marzo 2008.