Presentan método por espectrometría de masas mejorado para análisis proteómicos

La espectrometría de masas es un método altamente sensible para la medición de componentes celulares y de los líquidos corporales, el cual se ha utilizado para el análisis de sustancias químicas y biológicas.

Un proteoma representa todo el conjunto de proteínas expresadas por una célula y a través del análisis de los proteomas es posible obtener un cuadro completo de las proteínas y péptidos presentes en las células y en los líquidos corporales.

Científicos de la Universidad Johannes Gutenberg (Maguncia, Alemania) han optimizado el flujo de trabajo con espectrometría de masas, lo cual permite la identificación y cuantificación de un número significativamente mayor de proteínas que antes. Ellos han perfeccionado una técnica relativamente nueva e independiente de los datos que facilita un análisis cuantitativo muy exacto y reproducible. El equipo se centró en particular en el desarrollo de técnicas novedosas para el análisis proteómico cuantitativo con la ayuda de la llamada espectrometría de masas con movilidad de iones. Esta técnica permite no sólo medir la masa de una molécula sino también determinar su sección transversal.

Los investigadores también han logrado mejorar una técnica conocida como cuantificación sin etiquetas. Esto elimina la necesidad de que las muestras sean etiquetadas en el laboratorio antes de ser analizadas, un procedimiento que de otro modo resulta complejo. Esta técnica de espectrometría de masas con separación por movilidad de iones y cromatografía líquida (IMS-LC-MS) se realizó utilizando lisados de células HeLa. También fue desarrollado un programa de software llamado ISOQuant, para el análisis integrado de los datos de medición. Esta dimensión analítica adicional hace que la técnica se adapte de manera óptima a la investigación exhaustiva de muestras de alta complejidad.

La separación a escala nano de los péptidos trípticos se realizó con un sistema para Cromatografía Líquida de Ultra Desempeño (UPLC) nanoAcquity (Waters Corporation, Milford, MA, EUA) y el análisis de espectrometría de masas de péptidos trípticos se realizó utilizando un espectrómetro de masas Synapt G2-S HDMS, también de Waters Corporation. La intensidad promedio de los tres péptidos más intensos se correlacionó fuertemente con la cantidad absoluta de su proteína de origen. ISOQuant implementa el método de cuantificación y permite, además, usar métodos definidos por el usuario, variando el número de péptidos utilizados para la cuantificación de las proteínas.

Stefan Tenzer, PhD, inmunólogo y autor principal del estudio, dijo: “Ahora estamos en condiciones de analizar directamente las muestras de los pacientes y células inmunes específicas sin una preparación previa, la cual resulta sumamente costosa”. Sus colegas agregaron que los años de trabajo invertidos en el desarrollo de esta plataforma tecnológica han dado sus frutos en términos de un salto cuántico hacia adelante en lo que respecta a la mejora de la técnica de análisis proteómico mediante espectrometría de masas. El estudio fue publicado en la edición de marzo de 2014 de la revista Nature Methods.

Enlaces relacionados:

Johannes Gutenberg University
Waters Corporation