Predicen resistencia a medicamentos al evaluar datos de secuenciación de todo el genoma

Se está evaluando un paquete de software en el Reino Unido que puede identificar una bacteria a partir de la secuencia de ADN de su genoma y predecir qué antibióticos la pueden eliminar.

 

El software Mykrobe Predictor para uso en computadores portátiles y tabletas PC ha sido desarrollado por investigadores de la Universidad de Oxford (Reino Unido). Es compatible con los datos del instrumento se secuenciación de Illumina Inc. (San Diego, CA, EUA) como entrada estándar. Los antibióticos para los que sirve el software incluyen: beta-lactámicos (meticilina, penicilina), quinolonas (ciprofloxacina), macrólidos/lincosamidas (eritromicina, clindamicina), tetraciclina, aminoglucósidos (gentamicina), glicopéptidos (vancomicina), rifampicina, mupirocina, ácido fusídico y trimetoprim.

 

El programa toma datos de la secuencia en bruto como entrada y genera un informe médico-amigable, en un término de tres minutos en un computador portátil o tableta.

 

Mykrobe Protector está siendo evaluado actualmente en tres centros médicos en el Reino Unido. Un estudio preliminar que comprende más de 4.500 muestras retrospectivas de pacientes fue publicado en la edición digital del 21 de diciembre 2015, de la revista Nature Communications. Los resultados pusieron de relieve la capacidad del programa Mykrobe Predictor para detectar con exactitud la resistencia a los antibióticos en dos infecciones bacterianas potencialmente mortales: Staphylococcus aureus (incluyendo el SARM) y Mycobacterium tuberculosis (TB).

 

Para el S. aureus, las tasas de error del método fueron comparables a las de los métodos fenotípicos que son el estándar de oro, con una sensibilidad/especificidad de 99,1%/99,6% para 12 antibióticos. Para M. tuberculosis, el método predice la resistencia con una sensibilidad/especificidad de 82,6%/98,5%. La sensibilidad fue más baja para M. tuberculosis, probablemente debido a la limitada comprensión de los mecanismos genéticos subyacentes.

 

El programa también identificó infecciones causadas por una mezcla de bacterias resistentes a los antibióticos y sensibles a los medicamentos. Esta capacidad de diferenciar entre las subpoblaciones de bacterias le dio al programa Mykrobe Protector una ventaja sobre las pruebas convencionales en la detección de resistencia a los medicamentos antituberculosos de segunda línea.

 

El autor principal, el Dr. Zamin Iqbal, un investigador en genética humana de la Universidad de Oxford, dijo: “Una de las barreras para hacer que la secuenciación de todo el genoma sea una parte rutinaria de la atención en el NHS es la necesidad de computadores poderosos y conocimiento para interpretar las masas de datos complejos. Nuestro software gestiona los datos de forma rápida y presenta los resultados a los médicos y enfermeras en formas que son fáciles de entender, para que los puedan utilizar instintivamente con el fin de tomar las mejores decisiones de tratamiento”.

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