Prometedoras firmas epigenéticas para diagnosticar enfermedades del neurodesarrollo

Se han descubierto firmas de metilación del ADN en todo el genoma para varias enfermedades mendelianas del desarrollo neurológico, que podrían complementar clínicamente las pruebas moleculares que se están utilizando en la actualidad.

Las llamadas epifirmas pueden ser particularmente útiles para analizar varios síndromes a la vez y para ayudar a clasificar variantes de significado desconocido. Además, se de los trastornos constitucionales, pueden encontrar aplicaciones en el diagnóstico del cáncer.

Científicos de la Universidad Western (Londres, ON, Canadá) y sus colaboradores, analizaron muestras de ADN de sangre periférica de casi 300 pacientes con una de las 14 afecciones mendelianas, todos los síndromes del neurodesarrollo que se han asociado con defectos en la regulación epigenética, así como de aproximadamente 650 controles sanos. Para generar los perfiles de metilación del ADN, utilizaron el chip de perlas HumanMethylation450 de Illumina o sus arrays de metilación Infinium EPIC (Illumina, San Diego, CA, EUA).

El equipo demostró que ciertas firmas específicas, de metilación de ADN, pero que se encuentran parcialmente superpuestas están asociadas con muchas de estas condiciones. El grado de superposición entre estas epifirmas es mínimo, sugiriendo además que, en consonancia con el evento inicial, los cambios que se producen río abajo son exclusivos de cada síndrome. Además, al combinar estas epifirmas, demostraron que se puede construir una herramienta de aprendizaje automático para hacer el cribado para múltiples síndromes con alta sensibilidad y especificidad, y resaltan la utilidad de esta herramienta para resolver casos ambiguos que se presentan con variantes de significado incierto, junto con su capacidad para generar predicciones exactas para los individuos que presentan las características clínicas y moleculares superpuestas asociadas con la alteración de la maquinaria epigenética.

Bekim Sadikovic, PhD, DABMGG, FACMG, un profesor asociado de patología y medicina de laboratorio y el investigador principal del estudio dijo: “Una vez que empecemos a usar esto en un entorno clínico y comencemos a generar bases de datos cada vez más grandes, con información clínica vinculada a ellas, algo similar a lo que sucedió con las pruebas de microarrays y, ahora, la secuenciación del exoma, descubriremos qué otros genes o condiciones pueden tener estas epífirmas. Creo que la mejor manera de avanzar, desde un punto de vista de descubrimiento, es poner la prueba de metilación en uso clínico de rutina en estas poblaciones de pacientes a quienes normalmente les procesan perfiles genómicos y permitir que los datos en sí nos den una utilidad adicional”. El estudio fue publicado el 4 de enero. 2018, en la revista American Journal of Human Genetics.