Encuentran mutaciones del síndrome X frágil con un método de análisis integral

El síndrome de X frágil (SXF), la forma más común de discapacidad intelectual hereditaria y la causa monogénica de los trastornos del espectro autista, es causado principalmente por la expansión de las repeticiones del trinucleótido CGG en la región 5' no traducida del gen FMR1.

Las personas con un alelo de premutación tienen riesgo de síndrome de temblor/ataxia, asociado con el cromosoma X frágil, insuficiencia ovárica primaria asociada con el cromosoma X frágil y trastornos neuropsiquiátricos asociados con el cromosoma X frágil. El alelo de premutación se puede expandir a un alelo de mutación completa durante la transmisión de la línea germinal femenina, transmitiéndose así a la descendencia con SXF.

Genetistas médicos de la Universidad Central del Sur (Changsha, China) y sus asociados, inscribieron retrospectivamente un total de 62 muestras de ADN genómico de 21 familias con antecedentes de SXF del laboratorio de diagnóstico en Hospital de Genética de Hunan Jiahui, incluidas 57 muestras de sangre periférica y cinco de muestreo de vellosidades coriónicas. Las 21 familias tenían miembros con variantes de FMR1 identificadas mediante ensayo propio de PCR (TP-PCR) cebado repetido de triplete, análisis de transferencia Southern (SBA), secuenciación de Sanger y Gap-PCR.

La TP-PCR y la PCR específica de genes (GS-PCR) se realizaron con reactivos AmplideX PCR/CE FMR1 de Asuragen (Austin, TX, EUA) y se analizaron en el analizador genético 3130 ABI (Applied Biosystems, Waltham, MA, EUA). Se realizaron PCR y secuenciación de Sanger de exones FMR1 y límites exón-intrón para analizar variantes intragénicas raras. Se realizaron Gap-PCR y secuenciación de Sanger para determinar los puntos de ruptura de las microdeleciones. El análisis integral del ensayo para el SXF (CAFXS) incluyó dos reacciones para el análisis integral de las variantes de FMR1. También se realizó un análisis de transferencia Southern del ADN genómico digerido.

Los investigadores informaron que CAFXS detectó con exactitud el número de repeticiones CGG en el rango de 93 a al menos 940 con una fracción de masa de 0,5 % a 1 % en el fondo de alelos normales, que fue de 2 a 4 veces más sensible analíticamente que TP– PCR. Todas las categorías de mutaciones detectadas por los métodos de control, incluidas las mutaciones completas en 30 muestras, fueron identificadas por CAFXS para las 62 muestras clínicas. CAFXS determinó con exactitud las interrupciones AGG en los 133 alelos identificados, incluso en los alelos mosaicos. CAFXS identificó con éxito dos variantes intragénicas raras, incluida la variante c.879A> C en el exón 9 y una microdeleción de 697 pb que flanqueaba aguas arriba de las repeticiones CGG, lo que interrumpió la hibridación del cebador en el ensayo TP-PCR. Además, CAFXS determinó directamente los puntos de corte de una deleción de 237,1 kb y una deleción de 774,0 kb que abarcaba todo el gen FMR1 en dos muestras.

Los autores concluyeron que CAFXS basado en secuenciación de lectura larga representa un ensayo integral para identificar expansiones CGG de FMR1, interrupciones de AGG, variantes intragénicas raras y grandes deleciones de genes, lo que mejora en gran medida la detección y el diagnóstico genéticos del SXF. El estudio se publicó el 29 de septiembre de 2022 en la revista Clinical Chemistry.

Enlaces relacionados:
Universidad Central del Sur
Asuragen
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