Universidad de Oxford y Oracle crean un sistema de análisis de patógenos mundial que utiliza la inteligencia artificial para acelerar la identificación de las variantes de la COVID-19

Oracle Corporation (Santa Clara, CA, EUA) y la Universidad de Oxford (Oxford, Reino Unido), firmaron una asociación que permitirá la secuenciación y el examen genómico global a través de una plataforma especializada desarrollada en la Oracle Cloud Infrastructure (OCI) para ayudar a mitigar el impacto de variantes de COVID-19 potencialmente peligrosas.

La aparición de variantes más infecciosas del virus COVID-19 amenaza con retrasar la recuperación global y potencialmente frustrar la inmunidad de la vacuna actual. Para ayudar a los gobiernos y las comunidades médicas a identificar y actuar sobre estas variantes más rápido, Oxford y Oracle crearon un Sistema de análisis de patógenos global (GPAS) que combina la Plataforma de canalización de patógenos escalable (SP3) de Oxford con el poder de la OCI.

Utilizado por primera vez para la tuberculosis, el SP3 se reutilizó para unificar, estandarizar, analizar y comparar datos de secuencia de SARS-CoV-2, produciendo secuencias genómicas anotadas e identificando nuevas variantes y aquellas de interés. La capacidad de procesamiento de SP3 se ha mejorado con un extenso trabajo de desarrollo nuevo de Oracle, lo que permite un alto rendimiento y seguridad, además de una disponibilidad mundial 7 por 24 del sistema SP3 en Oracle Cloud. El sistema SP3 ahora entregará resultados completos y estandarizados de los análisis de COVID-19 a los pocos minutos de su presentación a escala internacional. Los resultados se compartirán con países de todo el mundo en un entorno seguro.

Junto con las amplias capacidades de aprendizaje automático en Oracle Cloud, los científicos, investigadores y gobiernos colaboradores de todo el mundo pueden procesar, analizar, visualizar y actuar sobre una amplia colección de datos de patógenos COVID-19, por primera vez. Esto incluye la identificación de variantes de interés y su impacto potencial en la efectividad de la vacuna y el tratamiento. Por ejemplo, los paneles de análisis del sistema mostrarán qué cepas específicas se propagan más rápidamente que otras y si las características genéticas contribuyen a una mayor transmisibilidad y evitar la vacuna. Oxford ya ha procesado la mitad de las secuencias de SARS-CoV-2 del mundo, más de 500.000 en total. El siguiente paso será extender este servicio a todos los patógenos y, al mismo tiempo, colaborar con científicos de centros de investigación, agencias de salud pública y empresas privadas para garantizar que este trabajo pueda dar información para la toma de decisiones sobre las estrategias de respuesta a una pandemia en todo el mundo. La plataforma será gratuita para que los investigadores y las organizaciones sin fines de lucro la utilicen en todo el mundo.

“Esta nueva y poderosa herramienta permitirá a los científicos de salud pública en establecimientos de investigación, agencias de salud pública, servicios de atención médica y compañías de diagnóstico de todo el mundo ayudar a comprender mejor las enfermedades infecciosas, comenzando con el coronavirus”, dijo Derrick Crook, profesor de microbiología en el Departamento de Medicina de Nuffield de la Universidad de Oxford. “El Sistema Global de Análisis de Patógenos ayudará a establecer un estándar común global para ensamblar y analizar este nuevo virus, así como otras amenazas microbianas para la salud pública. Esto agrega una nueva dimensión a nuestra capacidad para procesar datos de patógenos. Estamos entusiasmados de asociarnos con Oracle para promover nuestra investigación utilizando esta plataforma de tecnología de vanguardia”.

“Existe una necesidad crítica de cooperación global en la secuenciación genómica y el examen del virus de la COVID-19 y otros patógenos”, dijo el presidente y director de tecnología de Oracle, Larry Ellison. “El sistema SP3 mejorado establecerá un estándar mundial para la recopilación y el análisis de datos de patógenos, lo que permitirá a los investigadores médicos comprender mejor el virus COVID-19 y otras amenazas microbianas para la salud pública”.

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