Científicos diseñan el sistema de secuenciación para la COVID-19 más sofisticado el mundo

El nuevo software de bioinformática y los enfoques de computación en la nube han permitido el desarrollo del sistema de secuenciación de la COVID-19 más sofisticado del mundo.

El sistema, llamado CLIMB-COVID, fue diseñado para el consorcio COVID-19 Genomics UK (COG-UK), creado en marzo de 2020 para abordar el enorme desafío de secuenciar rápidamente los genomas del SARS-CoV-2. La primera versión de CLIMB-COVID fue diseñada y construida por investigadores de la Universidad de Birmingham (Birmingham, Reino Unido) y la Universidad de Cardiff (Gales, Reino Unido) en menos de un mes y fue fundamental en el procesamiento de los datos de secuenciación de más de 675.000 genomas de coronavirus, incluida la identificación y el seguimiento de las variantes Alfa y Delta que se volvieron dominantes en el Reino Unido. CLIMB-COVID también integra nuevo software de colaboradores de la Universidad de Edimburgo y el Centro de Vigilancia de Patógenos Genómicos.

CLIMB-COVID habilita un sistema de secuenciación distribuida, aprovechando la capacidad de secuenciación de universidades, institutos académicos y las cuatro agencias de salud pública del Reino Unido. El software CLIMB-COVID y la infraestructura de la base de datos pudieron recibir todos estos datos, procesarlos y ayudar a analizarlos en resultados interpretables para los analistas de salud pública. Todos los datos del proyecto se han integrado y compartido en tiempo real. Esto no solo ha permitido que las agencias de salud pública del Reino Unido trabajen juntas más fácilmente, sino que también ha permitido el acceso y la colaboración sin problemas con los académicos, y también ha permitido la detección temprana y la evaluación de nuevas variantes del virus. Comprender la evolución viral es importante para comprender cómo se propaga el virus en entornos locales, nacionales e internacionales. Proporciona información epidemiológica valiosa que revela las cadenas de transmisión que se deben detener para controlar los brotes.

“La construcción de este tipo de sistema de secuenciación descentralizada no había sido posible hasta ahora, porque la infraestructura de software no estaba disponible. Al diseñar ese sistema, hemos demostrado cómo se puede usar la secuenciación genética como una herramienta vital en cualquier respuesta de salud pública”, dijo el Dr. Samuel Nicholls, autor principal del artículo. “El sistema CLIMB-COVID es de código abierto. Eso significa que cualquier persona en el mundo puede acceder a nuestro código informático y a todos los datos genómicos, y puede ver cómo trabajamos. Nunca hemos visto un esfuerzo tan coordinado y sostenido para generar datos de vigilancia genómica en tiempo real a esta escala y ritmo y es por eso por lo que el Reino Unido es líder mundial en la secuenciación genómica del SARS-CoV-2”.

Enlace relacionado:
Universidad de Birmingham
Universidad de Cardiff