Secuencia rápida de todo el genoma rastrea el SARM

La secuenciación de todo el genoma puede suministrar datos de relevancia clínica sobre la transmisión bacteriana en una escala de tiempo y puede influir sobre el control de la infección y el manejo del paciente.

Las técnicas actuales de laboratorio a menudo no pueden distinguir entre los asilados de Staphylococcus aureus resistentes a la meticilina (SARM), pero la secuenciación del genoma completo puede proporcionar una información precisa en un tiempo de respuesta rápido, y podría hacer una clara distinción entre los aislados de SARM, de una manera que no era posible anteriormente.

En el Instituto Wellcome Trust Sanger (Hinxton, Reino Unido) un equipo de científicos se concentró en un brote en una unidad de cuidados intensivos neonatales que ya había terminado. Tomaron las muestras y las secuenciaron como si hubieran estado trabajando en tiempo real. Encontraron que podían distinguir entre las cepas que hacían parte del brote y las cepas que no lo hacían, y demostraron que podían haber identificado el brote antes que los ensayos clínicos en curso, lo que podría haber acortado el brote. El ADN extraído de cada aislado de SARM fue preparado para la secuenciación con el uso de un Kit Nextera DNA Sample Prep (Epicenter, Madison, WI, EUA). Las muestras fueron agrupadas y luego procesadas en un secuenciador Illumina MiSeq (San Diego, California, EUA) para secuencia pareada final de 150 pb.

El equipo construyó una lista de todos los genes que causan la resistencia a los antibióticos en el SARM. La rápida identificación de la resistencia a los fármacos en las cepas de SARM orientará a los profesionales de la salud a dar a cada paciente infectado el tratamiento más adecuado posible. Esto también proporciona una herramienta potente para el descubrimiento de nuevos mecanismos de resistencia a los medicamentos. El uso de la secuenciación del genoma completo en última instancia, pasará a formar parte de la atención médica de rutina. Este estudio indica que la secuenciación del genoma completo en tiempo real será muy útil para controlar el SARM y otros brotes en un hospital.

Julian Parkhill, PhD, autor principal del Instituto Wellcome Trust Sanger, dijo: “La diferenciación de las cepas es importante para el control de las infecciones. La acción rápida es esencial para controlar un posible brote, pero es de igual importancia para identificar las cepas no relacionadas y prevenir cierres innecesarios de los servicios y otras medidas de control perjudiciales. La salud necesita formas de identificación, de un brote, mejores y más eficientes y luego procesar los datos”.

Geoffrey P. Smith, PhD, director sénior de investigación de Illumina, añadió: “Como la secuenciación se ha vuelto cada vez más exacta y completa, puede ser utilizada para responder a una amplia gama de preguntas. No sólo pudimos diferenciar las diferentes cepas de SARM en el hospital, también hemos sido capaces de caracterizar rápidamente la resistencia a los antibióticos y los genes de toxinas presentes en los aislados clínicos”. El estudio fue publicado el 14 de junio de 2012, en la revista New England Journal of Medicine (NEJM).

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