Marcadores de análisis identifican ADN del cáncer y ubicación del tumor

Un equipo de genetistas moleculares ha desarrollado una herramienta de diagnóstico que identifica el ADN circulante del cáncer y determina el órgano en el que se localiza el tumor.

Investigadores de la Universidad de California en San Diego, basaron su método en la presencia de bloques de haplotipos de metilación en el genoma. Un haplotipo es un conjunto de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), en un cromosoma, que tienden estadísticamente a ocurrir siempre juntos. Se cree que la identificación de estas asociaciones estadísticas y pocos alelos de una secuencia específica de haplotipos, puede facilitar la identificación de todos los otros sitios polimórficos que están cerca en el cromosoma.

Los investigadores se centraron en una búsqueda sistemática y la investigación de las regiones en el genoma humano completo que mostraba una metilación altamente coordinada. Los científicos definieron 147.888 bloques de haplotipos de metilación, acoplados estrechamente a sitios CpG. Los sitios CpG son regiones de ADN donde un nucleótido con citosina es seguido por un nucleótido con guanina en la secuencia lineal de bases a lo largo de su dirección 5 'a 3'. CpG es taquigrafía para 5'-C-fosfato-G-3 ', es decir, citosina y guanina separadas por sólo un fosfato; el fosfato une dos nucleósidos en el ADN. Cada tejido en el cuerpo puede ser identificado por su firma única de haplotipos de metilación.

Utilizando datos de haplotipos de metilación, los investigadores recopilaron una base de datos de los patrones completos de metilación de CpG de 10 tejidos normales diferentes (hígado, intestino, colon, pulmón, cerebro, riñón, páncreas, bazo, estómago y sangre). A continuación, analizaron muestras de tumor y de sangre, de pacientes con cáncer, para ensamblar una base de datos de marcadores genéticos específicos para el cáncer. Utilizando esta base de datos, los investigadores demostraron una estimación cuantitativa de la carga tumoral y la cartografía del tejido de origen en el ADN circulante libre de células, de 59 pacientes con cáncer de pulmón o colorrectal.

“Saber la localización del tumor es crítico para la detección temprana eficaz”, dijo el autor senior, Dr. Kun Zhang, profesor de bioingeniería en la universidad de California, San Diego. “Esta es una prueba de concepto Para trasladar esta investigación a la etapa clínica, necesitamos trabajar con oncólogos para optimizar y perfeccionar aún más este método”.

“Hicimos este descubrimiento por accidente. Al principio, estábamos usando el método convencional y sólo buscábamos señales de células de cáncer y tratábamos de averiguar de dónde venían. También estábamos viendo señales de otras células y nos dimos cuenta de que, si integramos ambos conjuntos de señales, podríamos realmente determinar la presencia o ausencia de un tumor y el sitio donde el tumor está creciendo”, dijo el Dr. Zhang.

El método se describe en la edición en línea del 6 de marzo de 2017 de la revista Nature Genetics.