Desarrollan método para muestreo de bacterias intestinales

Se ha desarrollado un nuevo protocolo para la recolección de saliva y muestras de heces para los análisis genómicos y transcriptómicos que elimina la necesidad de personal especializado e instalaciones y, que al mismo tiempo, mantiene intacta la muestra.

El protocolo proporciona una visión crítica de la composición genética del microbioma del tracto digestivo y las bacterias asociadas con la enfermedad celíaca, el cáncer oral, la periodontitis, y la obesidad y esta técnica, permitirá, tanto estudios longitudinales como estudios con grandes colecciones que no están limitadas por la geografía.

Los científicos del Instituto Forsyth (Cambridge, MA, EUA) con colegas de otros institutos realizaron uno de los primeros estudios del microbioma humano en una cohorte prospectiva, bien fenotipificada, incorporando el análisis taxonómico, metagenómico y metatranscriptómico en múltiples lugares del cuerpo utilizando muestras auto-tomadas. Ocho individuos varones suministraron muestras de heces y saliva auto-recogidas para realizar una secuenciación metagenómica y metatranscriptómica.

Para evaluar los efectos del método de manipulación de las muestras en los ensayos, cada muestra de heces se subdividió para producir tres alícuotas: una muestra fresca congelada control, una muestra fijada en etanol, y una muestra fijada en RNAlater (Qiagen, Valencia, CA, EUA). De entre los participantes de un Estudio de Seguimiento de Profesionales de la Salud, se seleccionaron a 63 hombres que representaban a los extremos de la ingesta dietética occidental frente a la ingesta dietética prudente y les enviaron kits de auto-recolección para la saliva y las heces, a su casa. Todas las muestras, a base de ADN, fueron secuenciadas por Illumina HiSeq (San Diego, CA, EUA), con cada muestra de ADN procesada en un solo carril de secuenciación, y cada muestra de ácido ribonucleico (ARN), (ADN complementario, ADNc ) procesadas en un par de carriles de secuenciación.

Los científicos encontraron que la variación de las especies microbianas, los genes y las abundancias de la transcripción, entre los individuos, eran muy concordantes para los diferentes métodos de muestreo, con sólo una pequeña fracción de las transcripciones, de menos de 5%, mostrando variación entre el método. El equipo investigó las relaciones entre las comunidades microbianas orales e intestinales, identificando un subconjunto de microbios orales abundantes que sobreviven rutinariamente el tránsito hacia el intestino, pero que tienen una mínima actividad transcripcional, allí. La comparación sistemática del metagenoma del intestino y el metatranscriptoma reveló que una fracción sustancial de 41% de las transcripciones microbianas no se regulaba diferencialmente con relación a sus abundancias genómicas.

Jacques Izard, PhD, coautor del estudio, dijo: “Estamos muy entusiasmados con las oportunidades que este protocolo presenta para los estudios futuros, a gran escala. A medida que la sensibilidad de las tecnologías de secuenciación y las herramientas informáticas están mejorando, se podrán detectar cambios minúsculos. Nuestro grupo de colaboración demostró que podemos analizar muestras auto-recogidos y enviadas, con confidencialidad para el futuro descubrimiento de marcadores biológicos”. El estudio fue publicado el 19 de mayo de 2014, en la revista Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS).

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