Desarrollan prueba para diagnosticar hongo pulmonar virulento

La emergencia de poblaciones definidas de Cryptococcus gattii en las zonas templadas del Pacífico Noroccidental de América del Norte (PNW) fue sorprendente, dado que se pensaba, previamente, que esta especie estaba confinada a las regiones tropicales y sub-tropicales.

C. gattii, es un hongo patógeno, que es altamente adaptativo y amerita una vigilancia de las autoridades mundiales de salud pública y la población emergente dominante muestra un aumento en la virulencia y causa una enfermedad pulmonar primaria, en oposición a la enfermedad, principalmente neurológica, que se veía, en otros lados, previamente.

Unos científicos de la Universidad del Norte de Arizona (Flagstaff, AZ, EUA) quienes trabajaron con un equipo internacional de 15 países, llevaron a cabo la secuenciación del genoma en 118 aislamientos de C. gattii, que incluye los subtipos presentes en la PNW y la diversidad global del tipo molecular VGII, para determinar mejor la fuente natural y las adaptaciones genómicas que conducen a la aparición de la infección en la PNW.

Los genomas de todos los 118 aislamientos de C. gattii fueron secuenciados utilizando la tecnología de secuenciación HiSeq, MiSeq, o GAIIx (Illumina; San Diego, CA, EUA). El ADN de alto peso molecular fue extraído utilizando el kit ZR Micótico/Bacteriano ADN MiniPrep (Zymo Research; Irvine, CA, EUA). Antes de la secuenciación, las bibliotecas fueron cuantificadas utilizando una PCR cuantitativa (qPCR) en el ABI 7900HT (Life Technologies Corporation, Carlsbad, CA, EUA). También se realizaron la detección de variantes de los polimorfismos de nucleótidos sencillos, la tipificación de secuencia multilocus (MLST), y el análisis filogenético.

El equipo encontró que había muy probablemente múltiples introducciones claras en América del Norte de al menos dos de los tres subtipos VGII en la PNW. El contenido genético varía entre los subtipos VGII y C. gattii ha desarrollado una serie de estrategias evolutivas que permiten su continua adaptación de nicho. Paul Keim, PhD, uno de los autores principales del estudio, dijo: “Cuando analizamos de cerca los genomas de docenas de cepas del brote, así como diversas cepas que han aparecido mundialmente, hemos sido capaces de comparar de cerca y determinar las diferencias genómicas que pueden causar sus cambios clínicos y ecológicos”.

Las nuevas pruebas desarrolladas para este estudio del Instituto de Investigación Genómica Traslacional (Flagstaff, AZ, EUA), están haciendo que sea más fácil detectar este y otros hongos, y podría conducir a una mejor vigilancia y tratamientos. Las mismas herramientas que se utilizan en este estudio también fueron utilizadas para investigar la causa de un brote de meningitis fúngica asociada con las inyecciones de esteroides en la espalda, y el reciente brote de Fiebre del Valle. El estudio fue publicado el 15 de julio de 2014, en la revista mBiO.

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Northern Arizona University
Illumina
Zymo Research
Life Technologies Corporation
Translational Genomics Research Institute