Evalúan veinte métodos para serotipificar los neumococos

Un método de serotipificación de neumococos, adecuado para su uso en estudios de transporte, debe tener una alta sensibilidad, incluyendo la capacidad de detectar múltiples serotipos, detectar la mayoría o todos los serotipos, ser adecuado para poderlo escalar a grandes proyectos, y ser práctico para los países de escasos recursos.

Alrededor de 800.000 niños de corta edad, que, en su mayoría, viven en países de bajos ingresos, mueren anualmente de enfermedades neumocócicas y el desarrollo de vacunas requiere estudios exactos de los portadores con alta sensibilidad y la capacidad de detectar múltiples serotipos en las muestras individuales. La enfermedad neumocócica es causada por la bacteria, Streptococcus pneumoniae.

Un equipo de científicos dirigido por aquellos en el Instituto de Investigación Infantil Murdoch (Parkville, Australia) estableció el proyecto PneuCarriage, un gran estudio multicéntrico, internacional dedicado a la identificación de los mejores métodos para la serotipificación del neumococo, con el fin de aplicarle en estudios de transporte. El equipo distribuyó conjuntos de muestras de referencia a 15 grupos de investigación para las pruebas ciegas. Se usaron veinte métodos de serotipificación neumocócica para ensayar 81 muestras enriquecidas, preparadas en el de laboratorio. Los cinco métodos con el mejor desempeño fueron utilizados para analizar 260 muestras de campo nasofaríngeas recolectadas de niños en seis países con alta carga. Se determinaron la sensibilidad y el valor predictivo positivo (VPP) para los métodos de análisis y el método de referencia, que es la serotipificación tradicional de más de 100 colonias de cada muestra.

Quince métodos detectaron el serotipo principal en las muestras enriquecidas con una sensibilidad igual o mayor de 70%, pero sólo ocho métodos detectaron los serotipos menores en el mismo umbral. Para las muestras de campo, un método de cultivo de microarrays tuvo el mejor desempeño general (95,8% de sensibilidad y 93,9% VPP), mientras que un método de cultivo y examen con látex, más asequible, que se ha utilizado en entornos de bajos ingresos mostró un desempeño prometedor (79,8% de sensibilidad y 91,4% VPP). Las 260 muestras de campo contenían 307 neumococos serotipificables. Cuarenta y nueve de los 97 serotipos conocidos, incluyendo 12 de los tipos de la vacuna neumocócica conjugada 13 (PCV13), fueron identificados al menos una vez. Los tipos PCV7, PCV10 y PCV13 representaron el 27,1%, 29,0% y 45,6% de los 307 neumococos serotipificables, respectivamente. Los serotipos 19F, 23F, 6A, 15B/C, 19A, 14, 16F, 6C, 11A, 13, y 6B, fueron los más comunes y en conjunto representaron el 68% del total.

Los autores concluyeron que aunque la mayoría de que los métodos de serotipificación desarrollados recientemente, detectaron el serotipo dominante en una muestra, muchos fallaron al momento de detectar los serotipos de menor importancia. Por otra parte, el desempeño de los métodos similares variaban notablemente, y los métodos optimizados para el análisis de aislados puros no necesariamente funcionan bien cuando se hace el análisis de muestras más complejas. Estos hallazgos identifican que el microarray con un paso de amplificación de cultivo era como el método de más alto desempeño, pero, sobre todo, este estudio no ensayó todos los métodos disponibles serotipificación. El estudio fue publicado el 17 de noviembre de 2015, en la revista Public Library of Science Medicine.

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Murdoch Childrens Research Institute