Un análisis para una biopsia líquida del cáncer detecta mutaciones de bajo nivel

La secuenciación de ADN libre en circulación (cfADN-Seq) puede representar paisajes del genoma del cáncer, pero son necesarias tecnologías altamente sensibles y específicas para detectar con exactitud las mutaciones con frecuencias variantes que a menudo son bajas.

Se ha desarrollado un ensayo de ADN libre de células para detectar mutaciones de baja frecuencia en el cáncer colorrectal. Inicialmente, el ensayo se utilizará para estudios de traducción, pero está en desarrollo una versión clínica de la prueba que también podría ser aplicable a los cánceres de pulmón y otros.

Un equipo internacional de científicos que trabaja con el Instituto de Investigación del Cáncer (Londres, Reino Unido) ha desarrollado una tecnología de captura de secuenciación de ADN libre de células por captura híbrida, personalizable, que utiliza códigos de barras moleculares estándar y una herramienta de identificación de moléculas dúplex de ADN novedosa para obtener una corrección de errores mejorada. El equipo diseñó un ensayo de 32 genes, con un tamaño de 163,3 pares de kilobases, utilizando la tecnología Agilent SureSelectXT HS (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, EUA) a la que tenían acceso previo. El kit de reactivos incorpora códigos de barras moleculares de 10 bases. Para calcular la sensibilidad y la especificidad del ensayo, el equipo creó una mezcla de cfADN con 16 polimorfismos de nucleótido único (SNP), conocidos dentro de la región objetivo, a varias concentraciones.

Luego, el grupo probó el ensayo con cfADN de 28 pacientes con cáncer colorrectal metastásico a quienes también les habían secuenciado una biopsia de tumor. El ensayo cfADN detectó 80/91 (88%), de las mutaciones que se habían encontrado mediante la secuenciación de tumores. El ensayo de secuenciación de cfADN también detectó mutaciones en genes que no se habían analizado previamente mediante secuenciación de tumores. Por ejemplo, en cuatro casos que se habían analizado previamente a través de un ensayo basado en un amplicón de 5 genes, el ensayo cfADN detectó mutaciones en el gen APC, un gen supresor de tumores bien conocido. Además, el ensayo cfADN detectó mutaciones en los genes FBXW7, CTNNB1, TCF7L2, ATM y SMAD4. Once de las 13 mutaciones detectadas causaron cambios en las proteínas que habían sido informadas en la base de datos COSMIC.

Marco Gerlinger, MD, científico clínico y autor principal del estudio, dijo: "Estamos interesados en descubrir los mecanismos de resistencia y los nuevos controladores de la enfermedad metastásica, por lo que necesitamos la opción de cambiar lo que queremos incluir en nuestro ensayo de secuenciación. Aunque los ensayos disponibles comercialmente que hacen uso de la tecnología de amplicones son personalizables, el equipo también quería la capacidad de analizar las alteraciones en el número de copias de todo el genoma, una determinación que puede ser más desafiante con los ensayos basados en amplicones que con los que se basan en híbridos de captura". El estudio fue publicado en la edición de octubre de 2018 de la revista Clinical Chemistry.

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Instituto de Investigación del Cáncer
Agilent Technologies