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Se desarrolla un método epigenómico para detectar el cáncer pancreático

Por el equipo editorial de Labmedica en español
Actualizado el 31 Oct 2018
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Imagen: El instrumento NextSeq 550x, un sistema de secuenciación de alto rendimiento de sobremesa (Fotografía cortesía de Illumina).
Imagen: El instrumento NextSeq 550x, un sistema de secuenciación de alto rendimiento de sobremesa (Fotografía cortesía de Illumina).
Los cánceres de páncreas se diagnostican, generalmente, en una etapa tardía donde el pronóstico de la enfermedad es malo, como lo demuestra una tasa de supervivencia de 5 años del 8,2%. El diagnóstico temprano sería beneficioso al permitir la resección quirúrgica o la aplicación anterior de regímenes terapéuticos.

Se ha desarrollado un ensayo no invasivo de biopsia líquida que rastrea las modificaciones epigenéticas relacionadas con la regulación génica y la patogénesis del cáncer de páncreas, en el ADN libre de células circulantes (cfADN) en muestras de sangre de pacientes y se ha descubierto un vínculo entre una señal epigenómica en el cfADN y el cáncer de páncreas en pacientes.

Un equipo de científicos que trabajan con Bluestar Genomics (San Francisco, CA, EUA) investigó la detección del adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) de manera no invasiva al interrogar los cambios en el estado de la 5-hidroximetilación de la citosina (5hmC) del ADN circulante libre de células en el plasma. El equipo recolectó y aisló por primera vez muestras de plasma de una cohorte de 51 pacientes con cáncer pancreático y de 41 controles sin cáncer y luego enriqueció y secuenció las regiones de interés.

El equipo usó un método llamado "química de clics" para modificar los grupos hidroximetilo en la citosina al colocarles etiquetas de biotina. Luego, enriquecieron los fragmentos de ADN biotinilados mediante el uso de perlas magnéticas recubiertas con estreptavidina, lo que permite que un ensayo "de precipitación" eficaz separe las moléculas de ADN que contienen 5hmC de las que no contienen el biomarcador. Luego, el equipo secuenció los fragmentos utilizando un instrumento NextSeq 550 (Illumina, San Diego, CA, EUA), generando los datos que se pueden usar para obtener una firma epigenética.

Después de realizar un conjunto de modelos de regresión en los datos secuenciados, los investigadores encontraron que los pacientes con PDAC poseían miles de genes con diferentes firmas epigenómicas, incluidas las áreas de enriquecimiento y la ausencia de 5hmC, en comparación con los individuos no enfermos. Al filtrar los genes con los estados hidroximetilados más diferencialmente, el equipo encontró genes que anteriormente estaban relacionados con el desarrollo del páncreas o con el cáncer de páncreas.

El equipo validó el método en cohortes externas de estudios previos que contenían cáncer de páncreas y muestras sanas, produciendo un área bajo la curva de 74% a 97%. Los autores del estudio creen que la subpartición de individuos PDAC y no cancerosos en diferentes categorías mejorará la detección y clasificación de la enfermedad. El estudio se publicó el 26 de septiembre de 2018 en el servidor de preimpresión BioRxiv.

Enlace relacionado:
Bluestar Genomics
Illumina



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