Los depósitos de tejido residual son adecuados para los análisis proteómicos usando la espectrometría de masas

La proteómica basada en la espectrometría de masas se ha convertido en una poderosa herramienta para la identificación y cuantificación de proteínas de una amplia variedad de muestras biológicas.

La mayoría de los estudios que utilizan muestras de tejido se han realizado en muestras incrustadas congeladas frescas u óptimas de corte (OCT) recogidas de forma prospectiva. Sin embargo, este tipo de muestras son a menudo difíciles de obtener, tienen un suministro limitado, y la información clínica y los resultados en los pacientes se retrasan inherentemente en comparación con las muestras almacenadas.

Científicos del Laboratorio Nacional del Noroeste del Pacífico (Richland, WA, EUA) y sus colegas analizaron 60 muestras de pacientes tomadas de depósitos de tejido residual de Vigilancia, Epidemiología y Resultados Finales (SEER) del NCI, que contienen muestras de más de 100.000 pacientes con cáncer, junto con información demográfica detallada, datos sobre las características del tumor, el tratamiento, la supervivencia y la causa de la muerte. Las 60 muestras variaron en su tiempo de almacenamiento de siete a 32 años.

El equipo utilizó un etiquetado masivo en tándem (TMT, por su sigla en inglés) de 10 plex y dividió cada muestra en seis fracciones; cada una de ellas fue procesada en un gradiente de nanoLC de 100 minutos antes del análisis en un instrumento Q-Exact Plus (Thermo Fisher Scientific, Waltham , MA, EUA). Para el análisis de fosfopéptidos, usaron el enriquecimiento mediante Cromatografía de Afinidad de Metal Inmovilizado (IMAC). Encontraron que las 60 muestras proporcionaron suficiente material para el análisis de expresión proteica de todo el proteoma y 18 de las 60 muestras proporcionaron suficiente material para el trabajo de fosfopéptidos.

Los investigadores identificaron y cuantificaron un total de 8.582 proteínas y 8.073 fosfopéptidos en todo el conjunto de muestras SEER, lo que indica que el tejido FFPE es susceptible de análisis proteómico mediante espectrometría de masas. Se redujeron las identificaciones de proteínas en comparación con las identificaciones posibles en muestras incrustadas de compuestos de temperatura óptima de corte (OCT). En comparación con las muestras de OCT, las identificaciones de péptidos, proteínas y fosfopéptidos se redujeron en un 50%, 20% y 76%, respectivamente.

Karin D, Rodland, PhD, experta en espectrometría de masas y autora principal del estudio, dijo: “Ha habido kits comerciales disponibles durante 12 a 15 años para extraer proteínas de bloques FFPE y en vista de ello, los rendimientos de proteína cuando se usan los bloques de FFPE no son tan malos. Pero con las tecnologías de espectrometría de masas de hace 12 a 15 años, la tasa de identificación era muy baja. Simplemente no se obtenía una buena cobertura [proteoma] usando los bloques FFPE. Y la suposición era que la reticulación con formalina causaba la pérdida de identificaciones. Sin embargo, las mejoras en la tecnología en la espectrometría de masas han proporcionado instrumentos con mayor sensibilidad y mejor resolución que son capaces de trabajar con cantidades más pequeñas de muestra”. El estudio fue publicado el 3 de agosto de 2018 en la revista Clinical Proteomics.

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Laboratorio Nacional del Noroeste del Pacífico
Thermo Fisher Scientific