Herramienta computacional expone cambios en ADN canceroso que influyen en resistencia al tratamiento

Los cambios estructurales en el ADN tumoral se encuentran entre las alteraciones genéticas más dañinas en el cáncer; sin embargo, a menudo pasan desapercibidos, especialmente cuando las muestras de tejido están degradadas o son de baja calidad. Estos cambios genómicos ocultos pueden impulsar un crecimiento tumoral agresivo y complicar las decisiones de tratamiento. Para abordar esta brecha diagnóstica, los investigadores han desarrollado una nueva herramienta computacional capaz de identificar patrones sutiles pero dañinos de inestabilidad genómica a partir de datos de secuenciación del genoma completo, incluso en muestras de baja pureza o baja cobertura.

La herramienta, denominada BACDAC, fue desarrollada por investigadores de la Clínica Mayo Clinic (Rochester, MN, EUA) para mejorar la detección de anomalías cromosómicas a gran escala que suelen pasar desapercibidas en los análisis convencionales. BACDAC se centra en el concepto de ploidía: el número de conjuntos completos de cromosomas en una célula, que a menudo se ve alterado en las células cancerosas debido a ganancias o pérdidas de cromosomas enteros. BACDAC funciona escaneando datos de secuenciación del genoma completo para detectar anomalías como la duplicación del genoma completo, un fenómeno en el que un tumor duplica todo su contenido genético. Este tipo de desequilibrio de ploidía suele asociarse con un comportamiento tumoral más agresivo y resistencia al tratamiento. La capacidad de la herramienta para identificar estos cambios incluso en muestras complejas la hace especialmente útil en entornos clínicos donde la calidad del tejido puede variar. Una característica única de BACDAC es el Gráfico de Constelación, un resumen visual de la estructura cromosómica de un tumor que ayuda a investigadores y patólogos a interpretar fácilmente si un genoma es estable o está alterado.

En un estudio publicado en Genome Biology, el equipo de investigación aplicó BACDAC a más de 650 muestras tumorales de 12 tipos de cáncer. La herramienta detectó con éxito anomalías estructurales clave, incluyendo eventos de duplicación del genoma completo. Estos hallazgos no solo demuestran la precisión analítica de BACDAC, sino que también sugieren su posible utilidad para comprender el comportamiento tumoral en diversos tipos de cáncer. De cara al futuro, el equipo de investigación planea validar BACDAC en mayor profundidad y convertirlo en una herramienta de diagnóstico adecuada para su aplicación clínica. Al proporcionar una visión más clara y accesible de la estructura genómica de un tumor, BACDAC puede mejorar la precisión del diagnóstico del cáncer y permitir estrategias de tratamiento más personalizadas, en particular para cánceres provocados por cambios cromosómicos complejos.

"Esta herramienta nos permite ver una capa del genoma que hasta ahora había sido invisible", afirma el Dr. George Vasmatzis, autor principal del estudio y codirector del Programa de Descubrimiento de Biomarcadores de la Clínica Mayo. "Hemos dedicado décadas al estudio de la biología de la inestabilidad genómica. Esta es la primera vez que hemos podido traducir ese conocimiento en una herramienta que funciona a gran escala".

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