Sustracción del transcriptoma detecta virus desconocidos en suero humano

Un método basado en la sustracción de ADN y ARN viral de los que normalmente están presentes en el suero humano y la posterior comparación de los resultados con bases de datos de genomas virales conocidos permite la evaluación de pacientes en busca de virus desconocidos.

Investigadores de la Universidad de San Luis (MO, EUA) describieron recientemente el uso de un método de secuenciación de próxima generación llamado sustracción del transcriptoma para buscar en muestras de suero secuencias virales desconocidas. La sustracción del transcriptoma requiere una secuenciación ultra-profunda para establecer cuáles ADN y ARN pertenecen al genoma humano y separar este material de ácidos nucleicos virales extraños.

La profundidad en la secuenciación del ADN se refiere al número de veces que un nucleótido se lee durante el proceso de secuenciación. Una secuenciación profunda indica que la cobertura, o la profundidad, del proceso son muchas veces más grandes que la longitud de la secuencia en estudio. El término ‘profundo’ se ha utilizado para una amplia gama de profundidades (por lo menos siete veces), y el nuevo término ‘ultra profunda’ ha aparecido en la literatura científica para referirse a una cobertura aún mayor (por lo menos 100 veces). A pesar de que la exactitud de la secuenciación para cada nucleótido individual es muy alta, el gran número de nucleótidos del genoma hace que si un genoma dado es secuenciado sólo una vez, habrá un número significativo de errores de secuenciación. Por otra parte, son comunes los polimorfismos raros de un solo nucleótido (SNP). Por tanto, para distinguir entre los errores de secuenciación y los SNP reales, es necesario aumentar aún más la exactitud de la secuenciación, mediante la secuenciación de cada genoma un gran número de veces.

Después que el genoma humano fue identificado y retirado de la ecuación, los investigadores utilizaron los datos de bases de datos bien construidas y herramientas bioinformáticas modernas para eliminar el ADN y el ARN de todos los virus conocidos. Los ácidos nucleicos restantes pertenecían a virus desconocidos.

“Hemos descubierto una tecnología que nos permite detectar nuevos virus”, dijo el autor contribuyente Dr. Adrian Di Bisceglie, profesor de medicina interna de la Universidad de San Luis. “Aislamos el ADN y el ARN, amplificamos la cantidad de material genético presente en la sangre, hacemos una secuenciación ultra profunda y utilizamos un algoritmo para buscar resultados que se ajusten a cada pieza conocida del código genético, tanto humano como de los microbios. Al igual que el proyecto del microbioma humano establece cuáles son las bacterias que viven y conviven en cada persona, también estamos estudiando el viroma humano para saber más acerca de los virus que viven en todos nosotros: creemos que no todos son dañinos y que algunos incluso pueden ser beneficiosos”.

El estudio fue publicado en la edición digital del 11 de junio de 2013 de la revista Biochemical and Biophysical Research Communications.

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St. Louis University