Prueba nueva de PCR para COVID-19 identifica a todas las variantes del SARS-CoV-2 en muestras positivas de pacientes

Las pruebas exactas y confiables de COVID-19 deben ir acompañadas de la identificación de cepas variantes específicas del SARS-CoV-2 que revelen información importante, como la duración del período de incubación, la duración del período de contagio, la transmisibilidad, la patogenicidad e incluso cambios en los síntomas predominantes. La secuenciación profunda necesaria para identificar las cepas de SARS-CoV-2 es exacta y puede identificar cada mutación presente en una muestra, pero es costosa, lenta y requiere equipo especializado. Ahora, una nueva prueba de PCR utiliza balizas moleculares, no solo para diagnosticar la infección por COVID-19, sino también para identificar la variante específica del SARS-CoV-2 que causa esa infección. La metodología está abiertamente disponible para que pueda ser replicada por cualquier instalación que pueda ejecutar una prueba de PCR.

Mediante sondas de PCR en tiempo real diseñadas por la Universidad de Rutgers (Newark, NJ, EUA) y que ya se usan en todo el mundo para muchos propósitos, los investigadores diseñaron el ensayo Rutgers-RP RT-PCR para detectar mutaciones en el SARS-CoV-2 que se han demostrado aumentan el escape inmunológico, evitan la neutralización y aumentan la transmisibilidad. Fueron pioneros en el uso de balizas moleculares para identificar mutaciones genéticas específicas. Las balizas moleculares son moléculas con forma de horquilla que pueden ser diseñadas para que se unan selectivamente a una secuencia mutante específica, evitando secuencias de tipo salvaje que a menudo difieren en un solo nucleótido.

Se seleccionaron nueve mutaciones para la prueba, y la baliza de cada una tiene tintes de diferentes colores. Cada variante original de interés (alfa, beta, gamma, delta y ómicron) tiene una combinación única de estas mutaciones, y cuando la baliza se une a su molécula objetivo, el ensayo puede detectar su color distintivo. Cada baliza se probó individualmente para confirmar su especificidad para la mutación asignada. Luego, las balizas se combinaron en un ensayo multiplex y se analizaron mediante RT-PCR en 26 muestras de pacientes positivas para SARS-CoV2 que se habían analizado e identificado previamente mediante secuenciación profunda. Se identificaron dos muestras como variante alfa, dos como variante épsilon y ocho como variante delta. El ensayo multiplex estuvo totalmente de acuerdo con los resultados de la secuenciación profunda, con una sensibilidad y especificidad del 100 %.

Los investigadores informan que la prueba también es muy adaptable. Cuando surgió ómicron, los investigadores pudieron diseñar una baliza en menos de un mes para identificar una mutación que es exclusiva de ómicron y es importante para la evasión inmune. Los investigadores identificaron la variante ómicron en 17 de 33 muestras de pacientes adicionales que se habían analizado previamente y los resultados coincidieron en un 100 %.

“El virus SARS-CoV-2 aún no ha terminado con nosotros. Necesitamos desesperadamente un sistema de monitoreo mundial para las cepas emergentes inevitables que podrían ser aún más contagiosas o mortales”, dijeron los investigadores. “El ensayo de variantes Rutgers-RP RT-PCR podría ser implementado ampliamente en laboratorios de todo el mundo en este momento para monitorear todas las variantes conocidas de interés. El ensayo se actualizará con nuevos conjuntos de cebadores/sonda para cada nueva variante importante que surja”.

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Universidad de Rutgers

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