Comparan pruebas comerciales de RT- PCR con el cultivo para la gastroenteritis bacteriana

Las pruebas basadas en ácidos nucleicos (pruebas de diagnóstico independientes del cultivo, CIDT) para la gastroenteritis bacteriana ofrecen tres ventajas principales sobre el diagnóstico basado en cultivos: tiene una mejor sensibilidad analítica, requiere menos mano de obra a través de la automatización y tiene tiempos de respuesta más rápidos.

Se encuentran disponibles múltiples ensayos comerciales de análisis de ácidos nucleicos (es decir, PCR en tiempo real, RT-PCR), que analizan un mínimo de cuatro patógenos (Salmonella, Campylobacter, Escherichia coli productora de toxina Shiga (STEC) y Shigella). Sin embargo, existen muchas advertencias asociadas con las CIDT para la gastroenteritis bacteriana y lagunas en la evaluación de los ensayos comerciales.

Los microbiólogos clínicos de la Universidad de Calgary (Calgary, AB, Canadá) y sus colegas, utilizaron muestras clínicas de heces y muestras artificiales que comprendían especies, serotipos, biovares y/o subtipos de toxinas que circulan comúnmente para una comparación de cuatro pruebas comerciales de RT-PCR. Las cuatro pruebas fueron: RIDAGENE Bacterial Stool Panel y EHEC/EPEC Panel (R-Biopharm AG, Darmstadt, Alemania); Ensayo de gastroenteritis bacteriana FTD (Fast Track Diagnostics, Luxemburgo); Panel de bacterias entéricas BD MAX y Panel de bacterias entéricas extendido (BD Canadá, Mississauga, ON, Canadá); Ensayo Prodesse ProGastr SSCS (Hologic Inc., San Diego, CA, EUA).

Los cuatro ensayos comerciales de RT-PCR se probaron con 67 muestras de heces artificiales, cada una enriquecida con un aislado que representaba diferentes especies de Campylobacter, serotipos de Salmonella, especies y serotipos de Shigella, subtipos de toxinas STEC, serotipos/biotipos de Y. enterocolitica y Yersina spp; estos aislamientos son los tipos circulantes comunes en Alberta, Canadá. Todos los ensayos dieron resultados positivos para C. jejuni, C. coli, Y. enterocolitica y todas las especies y serotipos de Shigella, pero resultados negativos para Y. non-enterocoltica spp. y C. upsaliensis. La mayoría de los subtipos de toxina Shiga fueron detectados por todos los ensayos excepto stx2f, que fue detectado por Ridagene.

El desempeño de los cuatro ensayos comerciales se evaluó utilizando 171 muestras clínicas de heces recogidas prospectivamente, que inicialmente se analizaron mediante cultivo en los laboratorios de diagnóstico de primera línea. Esto incluyó 125 heces con cultivo positivo o 46 con cultivo negativo para Campylobacter, Salmonella, Shigella, STEC o Y. enterocolitica. Utilizando el cultivo como estándar de referencia, la sensibilidad para todos los organismos (excluyendo Yersinia) fue >96 % para los cuatro ensayos y la especificidad fue >90 %, excepto para el BD Max (87 %).

Los autores concluyeron que su estudio proporcionó una evaluación por terceros de cuatro ensayos de RT-PCR comercialmente disponibles para la gastroenteritis bacteriana y demostraron que los ensayos son en su mayoría equivalentes entre sí y con el cultivo con algunas salvedades. Dependiendo de la prevalencia de ciertos subtipos de stx, especies de Yersinia y especies de Campylobacter en la jurisdicción de un laboratorio, sin más mejoras en las pruebas independientes del cultivo, los métodos de cultivo siguen siendo críticos para la detección de estos patógenos. El estudio fue publicado el 1 de enero de 2022 en la revista International Journal of Infectious Diseases.

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Universidad de Calgary
Fast Track Diagnostics
BD Canadá
Hologic