Detectan novedoso coronavirus mediante técnica molecular

Evaluaron el desempeño técnico y analítico de estos análisis.

Se obtuvo una secuencia genómica provisional, así como un aislado del virus nuevo. La secuencia para el aislado del virus Rotterdam, denominado HCoV-EMC sirvió como un molde para el diseño de ensayo, y el virus se utilizó para la validación de los experimentos iniciales. El material obtenido provino de hisopos respiratorios, esputo y aspirados endotraqueales, recolectados durante 2010-2012 de varios pabellones hospitalarios del Centro Médico de la Universidad de Bonn.

Después de estudiar un genoma provisional, se identificó una región, río arriba del gen E putativo, como una región objetivo particularmente adecuada para una RT-PCR, en tiempo real. El análisis diseñado para esta región se conoce como el análisis upE. También se diseñó una prueba confirmatoria en el marco de lectura abierta 1b, denominado análisis ORF1b. Este gen objetivo no se sobrepone con los de los análisis conocidos pan-CoV, que incluyen el virus del SARS, que mató a cientos de personas en 2003.

Para obtener una cifra más clínicamente relevante sobre la especificidad del ensayo, los ensayos se aplicaron en 92 muestras clínicas originales en las que otros virus respiratorios ya habían sido detectados durante exámenes respiratorios de rutina. Estas muestras se prepararon utilizando un kit de ARN Viral (Qiagen; Hilden, Alemania), una formulación ampliamente utilizada para extraer el ARN en los laboratorios clínicos. Es de destacar que el panel analizado incluyó cuatro muestras que contenían hCoV-HKU1, que no estaba disponible como reserva de virus cultivados.

En total, ninguna de las 92 muestras clínicas originales, que contenían una amplia gama de virus respiratorios, dio algún tipo de señal de detección con cualquiera de los ensayos, mientras que los controles positivos se detectaron fácilmente. Se concluyó que el ensayo podría aplicarse de manera fiable en muestras clínicas. Ambos ensayos amplificaron adecuadamente la señal en diversas muestras clínicas de los pacientes con el virus sospechado. El ensayo upE pareció ser más sensible que el ensayo ORF1b.

La libre disponibilidad de pruebas diagnósticas probadas, a comienzos de la epidemia, es útil para equipar y preparar a los laboratorios de salud pública de manera eficiente. Los autores proporcionan los controles de ARN transcrito in vitro, a los profesionales de la salud, pero no serán capaces de proporcionar asesoramiento técnico intenso. Los autores seguirán la política de proporcionar sólo un control, a saber, para el ensayo de upE, con el fin de minimizar las posibilidades de contaminación accidental en el laboratorio. Si los laboratorios encuentran que las muestras de pacientes son positivas por el ensayo upE y el control, pueden realizar pruebas de confirmación utilizando el ensayo ORF1b. Un resultado positivo en este ensayo no sería, muy probablemente, debido a la contaminación. El estudio fue publicado el 27 de septiembre de 2012, en la revista Eurosurveillance.

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University of Bonn Medical Center

Qiagen