Secuenciación del genoma en tiempo real ayuda a controlar brotes hospitalarios

La secuenciación de todo el genoma (WGS) de los aislados bacterianos suministra un método contemporáneo prometedor para investigar la epidemiología de los brotes, especialmente cuando se acoplan con los datos de la localización clínica y temporales.

La bacteria, Acinetobacter baumannii, es una causa importante de infección nosocomial o adquirida en el hospital, en particular para la neumonía asociada al respirador y las infecciones del torrente sanguíneo en pacientes en estado crítico, y tiene una tendencia a causar brotes hospitalarios.

Científicos de la Facultad de Medicina de Warwick (Reino Unido) y sus colegas investigaron aislamientos multirresistentes a los medicamentos de Acinetobacter (MDR-Aci) obtenidos a partir de muestras clínicas de rutina que habían sido cultivadas en agar sangre, seguidas por el aislamiento de una sola colonia. La identificación de las bacterias y las pruebas de sensibilidad a los antibióticos fueron realizadas en el laboratorio de microbiología del hospital usando el sistema Vitek 2 (bioMérieux, Basingstoke, Reino Unido). La resistencia, de la bacteria, a múltiples fármacos se definió como la resistencia a igual o más de tres clases de antibióticos; quinolonas, cefalosporinas de espectro extendido, combinaciones de β-lactámicos/inhibidores de β-lactamasas, aminoglucósidos y carbapenémicos.

El ADN genómico fue extraído de 114 aislados putativos de Acinetobacter, aplicando las puntas Genómicas Qiagen 100/G (Manchester, Reino Unido) a un volumen de 5 ml a 10 ml de cultivo de una noche. El genoma de un aislado de un paciente fue secuenciado en dos plataformas de secuenciación diferentes: la 454 FLX (454 Life Sciences, Branford, Connecticut, EUA) y la Illumina MiSeq (San Diego, CA, EUA). Los científicos fueron capaces de identificar 74 pacientes que pertenecían a un brote prolongado en el hospital mediante la toma de muestras de tanto los pacientes como el medio ambiente. A continuación, determinaron la composición genética detallada de las bacterias transportadas por cada uno de estos pacientes y utilizaron estos datos, junto con información acerca de la sala en que los pacientes habían sido alojados y la fecha de sus primeros resultados positivos, para identificar casi 70 posibles eventos de transmisión. Armados con esta información detallada, los investigadores fueron capaces de identificar los puntos claves de transmisión dentro del hospital, que incluía un quirófano y una cama especializada para pacientes con quemaduras. Posteriormente se hizo la limpieza a profundidad de estos sitios de transmisión y se pusieron en marcha nuevos protocolos de descontaminación por parte del hospital.

Los autores concluyeron que la secuenciación de todo el genoma está lista para hacer un impacto en la prevención y control de las infecciones hospitalarias, suministrando una identificación costo-efectiva de las vías de infección dentro de un intervalo de tiempo clínicamente relevante y permitiendo a los equipos de control de infecciones realizar un seguimiento, e incluso prevenir, la propagación de patógenos hospitalarios resistentes a los medicamentos. Mark J. Pallen, MD, PhD, el autor principal del estudio, dijo: “Hemos demostrado cómo toda la secuenciación del genoma se puede aplicar en un marco de tiempo clínicamente útil para rastrear e, inclusive, controlar la propagación de agentes patógenos hospitalarios resistentes a los medicamentos. En este caso, ayudó a comprender y controlar lo que probablemente fue el brote de más larga duración de A. baumannii que se haya visto en este país”. El estudio fue publicado el 20 de noviembre de 2014, en la revista Genome Medicine.


Enlaces relacionados:

Warwick Medical School
bioMérieux
Qiagen
454 Life Sciences
Illumina