Análisis de todo el genoma del ADNlc detecta la respuesta a la terapia en el linfoma de células-B

Aunque entre el 50% y el 60% de las personas logran la curación con quimioinmunoterapia, los resultados son deficientes para la enfermedad recidivante o resistente al tratamiento.

La terapia de células T con receptor de antígeno quimérico (CAR, por sus siglas en inglés), representa un gran avance en la terapia personalizada del cáncer para pacientes con linfoma. Las mediciones de ADN libre de células de todo el genoma de baja cobertura que se usan comúnmente en las pruebas prenatales no invasivas también parecen útiles para diferenciar a los que responden a la terapia con células T con CAR, de los que no responden entre los pacientes con linfoma de células B.

Los hematólogos de la Universidad de California en San Diego (La Jolla, CA, EUA) inscribieron a pacientes consecutivos con linfoma de células B en recaída/refractario, sometidos a terapia con células T con CAR. Se extrajo sangre total de 12 pacientes en terapia con células T con CAR para el linfoma de células B en recaída/refractario. Las muestras se recolectaron en un horario estandarizado de días. Se procesaron un total de 127 muestras de sangre; se retuvieron una fracción del plasma y de la capa leucocitaria (celular). Para cada muestra de sangre, se conservó una fracción de plasma y una fracción de capa leucocitaria para análisis posteriores. Científicos de Laboratory Corporation of América (Burlington, NC, EUA), hicieron parte del grupo de estudio.

El ADN libre de células (ADNlc) del plasma de cada muestra se extrajo utilizando un método basado en perlas. Se crearon bibliotecas para la secuenciación de todo el genoma a partir de ADNlc y la secuenciación se realizó utilizando instrumentos HiSeq2500 (Illumina, San Diego, CA, EUA). Se procesaron los datos de secuenciación y se calculó el número de inestabilidad del genoma (NIG). El ADN genómico total se extrajo de la capa leucocitaria mediante un método basado en columnas (Qiagen, Venlo, Países Bajo). Se diseñó una reacción ddPCR para cuantificar la abundancia de la construcción CAR y el gen de la ribonucleasa P humana (ARNseP) utilizando un lector de gotas QX200 (Bio-Rad, Hércules, CA, EUA).

Los investigadores informaron que los cinco pacientes que permanecieron en respuesta completa (RC) en el momento de la última medición tenían un número de inestabilidad genómica (NIG) <170 (umbral). Dos pacientes que alcanzaron RC, pero luego recayeron, y todos menos uno de los pacientes que tuvieron una mejor respuesta distinta de la RC tuvieron la última medición de NIG> 170. En cinco de seis pacientes con enfermedad en recaída o progresiva, se observó un aumento de NIG antes del diagnóstico mediante imágenes. La abundancia de la construcción de células T con CAR (número absoluto de copias de la construcción en relación con el número de equivalentes del genoma humano) también mostró una tendencia a correlacionarse con el resultado en el día 10.

Aaron M. Goodman, MD, profesor de medicina y primer autor del estudio, dijo: “Esta tecnología es perfecta para el linfoma, y explicó que el ADNlc es un medio atractivo para monitorear los linfomas, ya que estos cánceres se comportan de alguna manera como tumores sólidos y células características que, a menudo, son más sensibles a la muerte y, por lo tanto, a la liberación de ácidos nucleicos en el torrente sanguíneo”.

Los autores concluyeron que la biopsia líquida no invasiva con ADNlc y el análisis de alteraciones del número de copias (CNA) se pueden correlacionar con la respuesta y se pueden utilizar para monitorear la respuesta en pacientes con linfoma de células B en recaída tratados con terapia con células T con CAR. El estudio fue publicado el 13 de octubre de 2021 en la revista Transplantation and Cellular Therapy.

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Universidad de California en San Diego
Laboratory Corporation of America
Qiagen
Bio-Rad