Nueva base de datos proporciona primer mapa de la firma del proteoma en la sangre de pacientes con cáncer

La medicina de predicción del cáncer ha recibido un impulso con la reciente presentación de una nueva base de datos de perfiles de proteínas del cáncer compilada a partir de inteligencia artificial y aprendizaje automático que permite la identificación de tipos de cáncer individuales a partir de una gota de sangre.

El nuevo Atlas de sangre de enfermedades de acceso abierto producido por el consorcio Human Protein Atlas (Suecia) proporciona un primer mapa de la firma del proteoma en la sangre de pacientes con cáncer. El Atlas de sangre de enfermedades destaca 1.463 proteínas asociadas con 12 tipos diferentes de cáncer y presenta proteínas que se pueden usar para identificar tipos de cáncer individuales a partir de una gota de sangre.

El Atlas de sangre de enfermedades se compiló a partir de mediciones de cantidades diminutas de plasma sanguíneo recolectado de 1.400 pacientes con cáncer en el momento del diagnóstico y antes del tratamiento. Las muestras de sangre se sometieron a una combinación de análisis estadístico de la expresión génica y predicción de enfermedades basada en el aprendizaje automático. El lanzamiento marca la 22.ª versión del Human Protein Atlas de acceso abierto, un recurso para perfilar proteínas humanas, que contiene 12 secciones, cada una de las cuales explora las proteínas humanas desde diferentes ángulos, incluidas las nuevas secciones Atlas de sangre de enfermedades y Estructura tridimensional de proteínas.

El lanzamiento va acompañado de cinco millones de páginas de actualizaciones en las bases de datos de tejidos y líneas celulares del Human Protein Atlas. La sección Estructura tridimensional de proteínas muestra las estructuras tridimensionales de todas las proteínas humanas utilizando un modelo de predicción basado en IA (AlfaFold). Además, una importante actualización de la sección Atlas de tejidos proporciona perfiles espaciales multiplex detallados de proteínas específicas para testículos y riñones humanos. También se proporcionan más datos sobre análisis de células individuales de tejidos y órganos, así como datos de un amplio catálogo de líneas celulares humanas.

"Esta es una nueva estrategia pancancerosa para explorar la firma del proteoma en la sangre de pacientes con cáncer", dijo el profesor Mathias Uhlén del Instituto Real de Tecnología de KTH, quien dirigió el consorcio Human Protein Atlas. “Creemos que las nuevas secciones del Human Protein Atlas de acceso abierto con grandes cantidades de nuevos datos que cubren todas las proteínas humanas brindan nuevas dimensiones de información valiosa para los investigadores interesados en la biología y las enfermedades humanas”.

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