Nuevo método para análisis del genoma de tuberculosis resistentes a medicamentos

Un consorcio europeo de investigación ha desarrollado una prueba para la detección de cepas de la bacteria de la tuberculosis (TB) Mycobacterium tuberculosis resistentes a los medicamentos, que produce resultados al cabo de unos pocos días en lugar de semanas que es el tiempo requerido por los métodos actuales.

El nuevo procedimiento permite la secuenciación de genes completos de M. tuberculosis en muestras de esputo de los pacientes. La secuenciación del genoma entero ofrece datos integrales sobre las mutaciones de resistencia y la tipificación de las cepas para la supervisión de la transmisión, pero a diferencia de las pruebas moleculares convencionales, esto ha sido alcanzable, anteriormente, sólo de M. tuberculosis después de un largo período de crecimiento en cultivo.

Los investigadores que trabajan en el marco del proyecto PATHSEEK, que incluye investigadores del Colegio Universitario de Londres (Reino Unido), el Centro Médico Erasmus (Rotterdam, Holanda), y las empresas de biotecnología CLC bio (Aarhus, Dinamarca) y Tecnología Genética Oxford (Oxford, Reino Unido), han descrito un método para enriquecer el ADN de M. tuberculosis directamente a partir de muestras de esputo de los pacientes.

La técnica utiliza cebos de ARN con biotina, diseñados específicamente para el ADN de M. tuberculosis, para capturar los genomas completos de M. tuberculosis directamente a partir de muestras de esputo infectadas, lo que permite la secuenciación del genoma entero sin el requisito del cultivo. Los investigadores utilizaron este método para analizar 24 muestras con baciloscopia positiva, recogidos en el Reino Unido y Lituania, donde existía una muestra de cultivo correspondiente y dos muestras que no habían logrado crecer en cultivo.

Los datos de secuenciación de M. tuberculosis fueron obtenidos directamente de todos los 24 esputos positivos por cultivo y baciloscopia, de los cuales 20 eran de alta calidad. Los resultados fueron comparados con los métodos moleculares y los métodos basados en el cultivo convencionales, y se observaron altos niveles de concordancia entre la resistencia fenotípica y la resistencia predicha basada en el genotipo. Los datos de la secuencia de alta calidad fueron obtenidos de un caso positivo por cultivo pero negativo por baciloscopia.

“Usando los métodos convencionales, los pacientes con TB resistente tendrían que esperar hasta seis semanas para las pruebas de resistencia a los antibióticos”, dijo el autor principal, la, Dra. Judith Breuer, profesora de virología en el Colegio Universitario de Londres. “En ese momento, ellos pueden estar tomando medicamentos que son subóptimos o sufrir efectos secundarios innecesarios y desagradables por el tratamiento. Nuestra técnica y el software asociado podrían reducir las pruebas de resistencia a los antimicrobianos a unos pocos días, lo que les permitiría a los médicos dar un tratamiento antimicrobiano preciso antes de lo que es posible en la actualidad”.

El Dr. John Anson, vicepresidente ejecutivo de Tecnología Genética de Oxford, dijo: “Es un privilegio estar involucrado con el proyecto PATHSEEK, que está dando resultados tan fructíferos, y jugar un papel activo en el desarrollo de nuevas técnicas para la detección rápida y la caracterización de enfermedades tan importantes”.

Los detalles del nuevo método fueron publicados en la edición digital del 13 de mayo de 2015, de la revista Journal of Clinical Microbiology.

Enlaces relacionados:

University College London
Erasmus Medical Center
CLC bio
Oxford Gene Technology