Tecnología de análisis para ITU disminuye tiempo de detección de manera significativa

La mayoría de las infecciones del tracto urinario (ITU) son casos leves, pero serios que pueden conducir a hospitalización y, en el peor de los casos, las bacterias pueden entrar al torrente sanguíneo causando sepsis urinaria, una enfermedad potencialmente mortal. En este caso los antibióticos son vitales y deben ser administrados inmediatamente.

 

Entre más rápido se pueda hacer la predicción de si la ITU es causada por un tipo de bacteria altamente resistente, más rápido se puede adaptar el tratamiento. El paciente recibirá un antibiótico que, con toda seguridad, será activo contra el patógeno y el recurso limitado de antibióticos de la sociedad será administrado de mejor manera. Esto ayudará en la lucha contra, la cada vez mayor resistencia a los antibióticos, uno de los mayores retos que la sociedad enfrenta hoy en día.

 

Unos científicos médicos de la universidad de Anglia Oriental (Norwich, Reino Unido) investigaron si la secuenciación con nanoporos podría acelerar el diagnóstico y el análisis de la resistencia, usando infecciones complicadas del tracto urinario, como un ejemplo. Se enriqueció el ADN bacteriano a partir de orinas clínicas y de cinco orinas sanas a las que se les agregó Escherichia coli multirresistente, las cuales fueron secuenciadas a continuación. Las secuencias fueron analizadas usando bases de datos externas y líneas de producción bioinformáticas. O, de manera alternativa, usando aplicaciones integradas de análisis en tiempo real. Los resultados fueron comparados con los datos obtenidos de Illumina y los fenotipos de resistencia.

 

El equipo utilizó la secuenciación de nanoporos MinION (Oxford Nanopore Technologies, Oxford, Reino Unido), que identificó correctamente patógenos sin necesidad de cultivo y, entre los 55 genes de resistencia adquiridos detectados en las bacterias cultivadas mediante secuenciación de Illumina, 51 fueron encontrados mediante secuenciación MinION, directamente de las muestras de orina; con tres de cuatro fallas en un procesamiento temprano con baja cobertura del genoma. Las mutaciones que confieren resistencia y las variantes alélicas no fueron identificadas de forma fiable. La secuenciación MinION identificó de manera integral los patógenos y los genes de resistencia adquirida, en la orina, en un plazo de cuatro horas desde la muestra hasta el resultado, un resultado similar al obtenido con la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

 

Justin O'Grady, PhD, uno de los autores principales, dijo: “Este estudio es el primero en usar la secuenciación MinION para diagnosticar rápidamente los patógenos y la resistencia antimicrobiana en muestras clínicas, sin necesidad de cultivos. Las mejoras en la tecnología secuenciación, los análisis de datos y la preparación de las muestras significa que hemos reducido el tiempo de respuesta a cuatro horas. Obtener los resultados con esta velocidad les permitirá a los médicos ajustar la terapia antimicrobiana muy temprano, inclusive antes de que la segunda dosis sea administrada puesto que los antibióticos son dados una vez cada ocho horas”. El estudio fue publicado en septiembre 25 de 2016 en la revista Journal of Antimicrobial Chemotherapy.

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