Secuenciación del exoma de los recién nacidos localiza errores innatos del metabolismo

Los errores innatos del metabolismo (EIM) forman una gran clase de enfermedades genéticas que involucran trastornos congénitos del metabolismo. La mayoría se debe a defectos de genes únicos que codifican enzimas que facilitan la conversión de varios sustratos en otros productos.

Actualmente, se pueden detectar docenas de enfermedades metabólicas congénitas mediante pruebas de cribado en los recién nacidos (NBS), especialmente las pruebas ampliadas que utilizan espectrometría de masas. Esta es una forma cada vez más común de realizar el diagnóstico y, a veces, da como resultado un tratamiento más temprano y un mejor resultado.

Un gran equipo de científicos dirigido por los de la Universidad de California Berkeley (Berkeley, CA, EUA), seleccionó un subconjunto de gotas de sangre seca de 1.200 recién nacidos no identificados para la secuenciación del exoma en las etapas de descubrimiento y validación del estudio. Ese conjunto incluyó a más de 800 recién nacidos con EIM conocidos, junto con 385 bebés que tuvieron resultados de EIM falsos positivos con exámenes de cribado basados en espectrometría de masas en tándem.

El análisis del equipo se centró en 78 genes previamente implicados en cuatro docenas de formas de EIM que se incluyen actualmente en los programas de detección de recién nacidos en California. El proyecto NBSeq evaluó la secuenciación del exoma completo (WES) como una metodología innovadora para realizar la NBS. El equipo descubrió que la estrategia basada en la secuenciación del exoma podría captar EIM auténticos con una sensibilidad del 88%, en comparación con la sensibilidad del 99% con las pruebas basadas en espectrometría de masas en tándem. El brazo de cribado de secuenciación del exoma del estudio descubrió EIM con más del 98% de especificidad, mientras que el método de cribado de espectrometría de masas en tándem establecido tenía una especificidad del 99,8% para detectar los EIM.

La WES por sí sola no era lo suficientemente sensible o específica para ser una forma detección primaria para la mayoría de los EIM mediante NBS. Sin embargo, como prueba secundaria para bebés con exámenes de detección anormales mediante EM/EM, la WES podría reducir los resultados falsos positivos, facilitar la resolución oportuna de casos y, en algunos casos, incluso sugerir un diagnóstico más apropiado o específico que el obtenido inicialmente.

Los autores concluyeron que la secuenciación de los recién nacidos para buscar EIM, proporciona un modelo ideal para evaluar el papel de la secuenciación en el cribado poblacional porque la mayoría son trastornos mendelianos que afectan vías bioquímicas bien entendidas y muchos se han estudiado extensamente. Señalaron que la sensibilidad y la especificidad de la detección basada en secuencias de EIM se pueden comparar directamente con las de la detección actual de EM/EM. El estudio fue publicado el 10 de agosto de 2020 en la revista Nature Medicine.

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Universidad de California Berkeley