Sistema de secuenciación monitoriza variantes del VIH de baja frecuencia

Los científicos han usado un sistema para secuenciar los genomas, para monitorizar las variantes del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) de baja frecuencia, de muestras humanas.

La determinación correcta del tropismo del VIH es crítica para la administración de una clase nueva de drogas llamadas antagonistas CCR5, usadas para el tratamiento del SIDA. El tropismo del VIH se refiere al tipo de célula que el virus infecta, determinada por los coreceptores que el virus emplea para entrar a la célula. Determinar el coreceptor que la cepa del VIH usa, CCR5, CXCR4 o una combinación de ambas, es un componente crítico para monitorizar y tratar el VIH.

454 Life Sciences (Branford, CT, EUA), una compañía Roche (Indianápolis, IN, EUA; www.roche-applied-science.com) anunció que un equipo de científicos del Centro de Excelencia en VIH/SIDA (Vancouver, Canadá) de la Columbia Británica (BC) y la Universidad de la Columbia Británica (Vancouver, Canadá) usaron el sistema secuenciador de genomas FLX , de la compañía en un estudio reciente de tropismo del VIH. El sistema de secuenciación 454 tiene una preparación de muestra simple, sin sesgos, y lecturas de secuencia largas, muy exactas, incluyendo las lecturas de terminales pareadas. La tecnología del sistema de secuenciación ha permitido cientos de estudios en varios campos, incluyendo el cáncer, las enfermedades infecciosas y el descubrimiento de drogas.

Los resultados preliminares del estudio encontraron que los métodos convencionales de genotipificación carecían de la sensibilidad suficiente para la detección de la variante CXCR4, lo cual es una contraindicación para administrar los antagonistas CCR5. Mediante el uso de secuenciación profunda, el equipo logró cuantificar las variantes, de baja frecuencia, asociadas con la mala respuesta a los antagonistas CCR5 y determinar con exactitud el tropismo del VIH en varias muestras individuales.

El sistema de secuenciación 454 tiene una preparación de muestra simple, sin sesgo, y lecturas de secuencia largas, muy exactas, incluyendo las lecturas de terminales pareadas. La tecnología del sistema de secuenciación ha permitido cientos de estudios en varios campos, incluyendo el cáncer, las enfermedades infecciosas y el descubrimiento de drogas.

Los resultados preliminares del estudio fueron presentados por el Dr. Richard Harrigan (director del laboratorio en el Centro de Excelencia en VIH/SIDA de BC) durante el congreso HIV DART (Centro para la Investigación y el Tratamiento del SIDA de la Universidad de Duke) en Puerto Rico, en Diciembre 10, 2008. El Dr. Harrigan, explicó: "La sensibilidad de la plataforma secuenciadora de genoma FLX nos permitió monitorizar la variación de la secuencia en las muestras de 48 o 96 individuos, simultáneamente, y además, tiene una capacidad mucho mayor para detectar variantes minoritarias que los métodos estándar”.

Añadió que esto tiene implicaciones importantes para la monitorización de la terapia. "El hecho de que el sistema secuenciador del genoma FLX suministre una medición cuantitativa de la variancia de la secuencia, es un valor agregado.

El sistema secuenciador del genoma FLX con la secuenciación 454, permite descubrimientos en la secuenciación de novo, la resecuenciación de genomas completos y regiones blanco del ADN, la metagenómica y el análisis de ARN. Con una combinación única de lecturas largas, exactitud excepcional y eficiencia ultra-alta, el sistema secuenciador del genoma FLX da un resultado integral a un costo total bajo, dándole un excelente valor a cualquier plataforma de secuenciación de siguiente generación.

Enlace relacionado:
454 Life Sciences
Roche
British Columbia (BC) Centre of Excellence in HIV/AIDS