Integran software de espectrometría de masas con sistema de análisis de datos proteómicos

Geneva Bioinformatics, SA (GeneBio; Ginebra, Suiza) e Integromics S.L. (Madrid, España) reportaron que la plataforma de software Phenyx de GeneBio para el análisis de datos de espectrometría de masas (EM) ha sido integrada exitosamente en la última herramienta de análisis y administración de datos proteómicos de Integromics-- OmicsHub Proteomics. Esta integración les da a los usuarios de Phenyx y OmicsHub Proteomics la posibilidad de combinar resultados de diferentes máquinas de búsqueda, aumentando así la exactitud de los procesos de identificación de proteínas.

OmicsHub Proteomics sirve como un sistema de análisis y administración de datos proteómicos, desde la detección de los picos de proteínas hasta la generación de los reportes finales. Ha sido desarrollada en cooperación con ProteoRed, la Red Española Nacional de Proteómica (Madrid, España), garantizando así que la solución está cerca de la realidad de un laboratorio proteómico y que ayuda a resolver los problemas de tráfico más típicos en este campo.

Desarrollada en colaboración con el Instituto Suizo de Informática (SIB; Lausana Suiza), Phenyx es el software de GeneBio para la cuantificación y caracterización de proteínas y péptidos a partir de datos de espectrometría de masas. La plataforma Phenyx está diseñada específicamente para satisfacer las demandas concurrentes del análisis de datos de EM de alta eficiencia y la evaluación de datos dinámicos mediante una arquitectura personalizable y una interfase amigable, novedosa (http://phenyx.vital-it.ch/pwi).

"Una de las mayores ventajas de OmicsHub Proteomics es que hemos integrado en una sola plataforma todos los pasos de un experimento de EM, reduciendo así, el tiempo y la complejidad del manejo de datos”, dijo el Dr. Juan Pablo Albar, coordinador general de ProteoRed. "Puesto que nuestra retroalimentación contribuyó desde las etapas iniciales de su creación, OmicsHub Proteomics resuelve los problemas típicos que encontramos diariamente y facilita la vida cuando se realizan labores como apoyo múltiple para la máquina de búsqueda, la integración de las vías o la generación de reportes para los clientes externos. Por el otro lado, nos complace ver que las compañías comerciales también incluyen en su software funcionalidad que les ayuda a los laboratorios a satisfacer fácilmente los estándares de proteómica como PRIDE [IDEntificaciones PROteómicas] o MIAPE [Información Mínima Sobre una Proteómica]. Puesto que Phenyx se usa ampliamente dentro de nuestra red debido a sus capacidades únicas para la identificación de proteínas, OmicsHub permite que nuestros miembros aprovechen mejor una solución central como Phenyx”.

"Nos complace esta integración de Phenyx dentro de OmicsHub Proteomics puesto que esto debería abrir a Phenyx a muchos usuarios nuevos”, dijo Nasri Nahas, director ejecutivo de GeneBio. La plataforma OmicsHub Proteomics resuelve las necesidades de los investigadores de proteómica para la automatización y la administración/análisis de los datos; en combinación con el desempeño sobresaliente de Phenyx, vemos una plataforma ganadora que traerá un gran valor inmediato a los usuarios y al mismo tiempo expandirá el potencial de la base de usuarios de Phenyx. Estamos emocionados por las posibilidades futuras de esta relación”.

"Con OmicsHub Proteomics, Integromics ha entrado en el campo de la proteómica y vemos a la proteómica como un área donde Integromics puede aprovechar sus experiencias en la industria de ciencias biológicas y añadir valor. OmicsHub Proteomics ha sido diseñada para suministrar una solución personalizada de proteómica y la integración de Phenyx les suministrará a nuestros usuarios finales mayor flexibilidad en el proceso de análisis de proteínas”, dijo el Prof. Jose Maria Carazo, director científico de Integromics.

Tanto Integromics S.L. como GeneBio presentaron su tecnología en HUPO 2009, en Toronto, Canadá, en Septiembre 26-30, 2009.

Geneva Bioinformatics es una compañía de bioinformática líder que le suministra a la comunidad de ciencias biológicas un software que cierra la brecha entre la recolección de información y la generación del conocimiento. La compañía se concentra en la caracterización, por espectrometría de masas, de proteínas y moléculas pequeñas así como la imagenología del proteoma, ofreciéndoles a los clientes y socios un grado alto de especialización esencial para sus investigaciones.

Integromics desarrolla sistemas de tecnología de información (TI) para las Ciencias Biológicas (genómica y proteómica) y dos áreas estratégicas: manejo/integración de datos y análisis inteligente de datos. La compañía ha desarrollado una red de colaboraciones y sociedades con organizaciones líderes en la industria y académicas para suministrar soluciones tecnológicas completas que permitan que los científicos marquen descubrimientos nuevos a partir de sus datos de investigación. Integromics opera globalmente en el Pacífico Asiático, Europa y los Estados Unidos.

Enlaces relacionados:

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Integromics
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Swiss Institute of Bioinformatics